На главную На страницу третьего семестра
— — — — — — — —
Задание №1
Для выполнения этого задания я выбрал белок гемоглобин (а точнее, его субъединицу альфа 1).
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Короткое имя гена | HBA1 |
| Gencode ID | ENSG00000206172.8 |
| На какой цепи закодирован | На прямой |
| В какой хромосоме находится | 16 |
| Плечо и полоса | chr16:176,717-177,411 |
| Количество альтернативных продуктов | 2 |
| Транскрипт | Gencode ID | Координаты в хромосоме | Число экзонов | Длинна последовательности белка |
|---|---|---|---|---|
| 1 | ENST00000320868.9 | chr16:176,680-177,522 | 3 | 142 |
| 2 | ENST00000397797.1 | chr16:176,704-177,522 | 3 | 110 |
Задание №2
Для получения выравнивания был использован алгоритм, предложенный в тексте задания. Для его анализа была применена команда – "infoalign alignment_Pan_troglodytes_Human.fasta -html -only -heading -name -seqlength -alignlength -diffcount stdout"
| Name | Sequence Length | Aligned Length | Difference |
|---|---|---|---|
| homo_sapiens_1-1050 | 1032 | 1050 | 0 |
| pan_troglodytes_1-1050 | 1039 | 1050 | 37 |
Итоговое отклонение равно 37/1050 = 3,524%, что близко к найденной информации об отличиях генома примерно на 4% (источник).