На главную На страницу третьего семестра
— — — — — — — —
Задание №1
Выбранный организм – Секвойя вечнозелёная (или Секвойя красная) – Sequoia sempervirens (D.Don) Endl. Род Sequoia содержит только один этот вид, относится к семейству Кипарисовые (Cupressaceae). В природе произрастают на Тихоокеанском побережье Северной Америки. Это одни из самых высоких растений на Земле, отдельные экземпляры могут достигать высоты в 110 м. Живут около 2000 лет.
Секвойя вечнозелёная. Источник –
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B5%D0%BA%D0%B2%D0%BE%D0%B9%D1%8F
На сайте NCBI Genome приведена только одна сборка.
| Параметр | Данные |
|---|---|
| Название (assembly name) | SESE.1.0 |
| AC сборки из GenBank | GCA_007258455.1 |
| "Уровень" сборки (assembly level) | Scaffold |
| Общая длина последовательности | 26,537,244,740 |
| Число контигов | 548,916 |
| Число скэффолдов | 517,852 |
| N50 для контигов | 97,163 |
| L50 для контигов | 61,057 |
| N50 для скэффолдов | 110,425 |
| L50 для скэффолдов | 54,396 |
| Число аннотированных белков | 517,852 |
| Ссылку на публикацию с описанием проекта | - |
| Ссылку на последовательность одного из контигов в формате .fasta | Файл |
Чтобы получить последовательность контига, я перешёл со страницы с данными о сборке на страницу WGS Progect, где снизу написаны идентификаторы последовательностей контигов. По идее, можно, просто нажав на них, перейти к странице с контигами, однако почему-то в этом случае такой подход не работал, так что пришлось вручную эти последовательности искать.
Задание №2
Я производил поиск по Nucleotide NCBI. Текст запроса: "(Siphoviridae[Organism]) AND 40000:50000[Sequence Length]". В GenBank 1590 находок, в RefSeq – 424. Для описания был выбран геном Gordonia phage Barco.
| Параметр | Данные |
|---|---|
| AC нуклеотидной записи | MK501730.1 |
| Латинское название вида | Gordonia phage Barco |
| TaxID вида | 2517926 |
| Тип генома: DNA/RNA, ds/ss, линейный/кольцевой | DNA, ds, линейный |
| Хозяина вируса (бактерия или архея, и род) | Бактерия, Gordonia |
| Ссылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS) | Файл |
Файл с участками, предположительно кодирующими белки, был получен со страницы вируса в NCBI: Send to => Coding sequences => FASTA Nucleotide.
Задание №3
| Ключ | Описание | Пример использования |
|---|---|---|
| ncRNA | Ген, который кодирует РНК, однако не рибосомальную и не транспортную | Из NZ_BLAE01000029.1
ncRNA 119801..120187
/ncRNA_class="RNase_P_RNA"
/gene="rnpB"
/locus_tag="Amac_RS24865"
/product="RNase P RNA component class A"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00010"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: cmsearch."
/db_xref="RFAM:RF00010"
|
| propeptide | Ген, кодирующий пропептид (неактивный пептид, который после активации становится нормальным белком) | Из AB781599.1
propeptide join(241..550,603..971)
/gene="krtC"
/product="pro-neutral protease"
|
| protein_bind | Сайт нековалентного присоединения белка на нуклеиновой кислоте | Из MH325099.2
protein_bind 8015..8036
/note="CAP binding activates transcription in the presence
of cAMP.; label: CAP binding site"
/bound_moiety="E. coli catabolite activator protein"
|
| regulatory | Любой участок последовательности, который принимает участие в регуляции транскрипции, трансляции, репликации или структуры хроматина | Из NZ_BLAE01000106.1
regulatory complement(4230..4368)
/regulatory_class="riboswitch"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00162"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="SAM riboswitch class I; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
cmsearch."
/bound_moiety="S-adenosylmethionine"
/db_xref="RFAM:RF00162"
|
| repeat_region | Участок генома, содержащий повторяющиеся элементы | Из NZ_BLAE01000043.1
repeat_region 71073..71599
/inference="COORDINATES: alignment:crt:1.2"
/inference="COORDINATES: alignment:pilercr:v1.02"
/rpt_family="CRISPR"
/rpt_type=direct
/rpt_unit_range=71078..71096
/rpt_unit_seq="cgcacgcggggatggtccc"
|
| rep_origin | Ориджин репликации (точка начала репликации нуклеиновой кислоты) | Из MK258084.1
rep_origin complement(5296..5330)
/note="OriL; origin of L-strand replication"
|
| telomere | Обозначение участка теломер | Из NC_001148.4
telomere 942396..948010
/note="TEL16R; Telomeric region on the right arm of
Chromosome XVI; annotated components include an X element
core sequence and a short Y' element; TEL16R does have
telomeric repeats (TEL16R-TR), but they are missing from
the genome annotation due to difficulties encountered
during sequencing and/or assembly"
/db_xref="SGD:S000029002"
|