На главную На страницу четвёртого семестра

— — — — — — — —

1) ID42.
2)В файле - 11 последовательностей(AKR1C4,ALDH1A3,ALDH3A1,ALDH3B1,ALDH3B2,BPNT1,DMGDH,GOT1,HNMT,IMPAD1,SARDH).
3)В анализе обогащения участвовали все ID.
4)Выдача состояла из 49 объектов. P_value = 0.05.Такое количество получилось, потому что другие GO terms не прошли порог.
5)Самые значимые GO terms: GO:0006066, GO:0044282,GO:1901615,GO:0044281,GO:0046164, GO:1901616,GO:0034308,GO:0043436,GO:0055114,GO:0006082.
6)Граф, полученный из пяти "лучших" GO terms. Узлы полученного графа соединенны соотношением "is a".

7)Все GO terms относятся к метаболическим процессам. alcohol catabolic process(химические реакции и пути, приводящие к распаду спиртов, любого из класса соединений, содержащих одну или несколько гидроксильных групп) являются частью small molecule catabolic (химические реакции и пути, приводящие к распаду малых молекул) и alcohol metabolic process(химические реакции и пути, включающие спирты, любые из класса соединений, содержащих одну или несколько гидроксильных групп, присоединенных к насыщенному атому углерода).В свою очередь alcohol metabolic process являются частью small molecule metaboliс и organic hydroxy compound(органическое соединение, имеющее по меньшей мере одну гидроксигруппу, присоединенную к аатому углерода). small molecule catabolic - часть процесса small molecule metabolic.

String.

1)Изображение графа

2) Для всех узлов указано наличие 3D-структур
3) На картинке наблюдается немного связей, однако из 8 видов не представлены только gene neighborhood и gene fusions. Если использовать функцию more, появятся новые типы связи и 5 новых узлов.Все типы связей появились только после использования данной функции 2 раза.
4)Coocurrence

В String можно посмотреть на представленность изучаемого набора белков в различных организмах. Более темный цвет означает более достоверная находку.Белки полностью консервативны у опистоконт. Представительность белков у организмов различна. Наиболее редко встречаемый белок - HNMT. Остальные встречаются часто и почти все в трёх доменах.
5)Coexpression

1.У человека нет ни одной пары генов с высоким уровнем достоверности их связи. Коэксперссия 2 пар выражена очень слабо. Между другими белками связи нет.
2.У других организмов все также.Пар со слабым указанием на коэкспрессию 11.