На главную На страницу четвёртого семестра
— — — — — — — —
Задание №1
Для поиска гомологов были использованы команды: makeblastdb -in [название файла] -dbtype prot и blastp -query P0A6H1.fasta -db [название файла] -evalue 0.001 -out [мнемоника]_output.txt. Результаты:
ENTFA:
LACAC:
LACDA:
LACLA:
STAA8:
STREQ:
STRPN:
Задание №2
Дерево было реконструировано методом maximum likelyhood. Дерево в формате Newick.
Ортологи: CLPE_LACLA & CLPE_STRPN, FTSH_LACLA & FTSH_STRPN, HSLU_LACAC & HSLU_LACDA. Паралоги: CLPL_STAA8 & CLPC_STAA8, HSLU_ENTFA & CLPX_ENTFA, CLPX_STRPN & FTSH_STRPN.
Дерево с покрашенным ортологическими группами:
Дерево со сжатыми ортологическими группами:
Группа HSLU содержит белки ATP-dependent protease ATPase subunit HsIU только бактерий STAA8, ENTFA, LACAC, LACDA, филогения белков соответствует филогении
бактерий.
Группа CLPX содержит белки ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX только бактерий STAA8, ENTFA, LACLA, STRPN, филогения также соответствует.