Семестр №7 (осень 2021)

На главную

— — — — — — — —

План семестра

Блок 1. Введение и повторение

  1. Лекция 1. Зачем нам информация о структуре

  2. Практикум 1. PyMol, FoldIt

  3. ДЗ 1. PyMol Отчёт

  4. Лекция 2. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание

Блок 2. Методы получения структур биомолекул

  1. Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, начало

  2. ДЗ 2. Электронная плотность Отчёт

  3. Семинар 1 по РСА

  4. Лекция 4. Рентгеноструктурный анализ, продолжение

  5. ДЗ 3. Файл PDB. Альтернативные положения, B фактор, кристалл Отчёт

  6. Семинар 2 по РСА

  7. Лекция 5. Рентгеноструктурный анализ, завершение

  8. ДЗ 4. ProDy. Синтез Фурье Отчёт

  9. Лекция 6. ЯМР

  10. Лекция 7. КриоЭМ

  11. ДЗ 5. ЯМР vs КриоЭМ vs РСА Отчёт

  12. Лекция 8. Оценка качества расшифровки структуры. Поиск ошибок

  13. ДЗ 6. Валидация модели Отчёт

  14. Консультация к коллоквиуму

  15. Коллоквиум

  16. Коллоквиум

Блок 3. Структурная биоинформатика

  1. Лекция 9. Разметка взаимодействий

  2. Лекция 10. Поверхности, карманы, pKa

  3. ДЗ 7. Карманы связывания, объем. Докинг Отчёт

  4. Лекция 11. Вторичная структура

  5. Лекция 12. Третичная структура, выделение доменов

  6. ДЗ 8. Вторичная структура Отчёт

  7. Обсуждение манифеста

  8. Лекция 13. Пространство укладок. Подобие структур. Структурные выравнивания

  9. ДЗ 9. Структура/функция. Поиск по структуре Отчёт

  10. Лекция 14. Структура/функция

  11. Лекция 15. Подвижность, регуляция и эволюция структур.

  12. ДЗ 10. Что может AlphaFold2 Отчёт

  13. Лекция 16. Задачи дизайна. Введение в моделирование.

  14. Лекция 17. Предсказание структур. AlphaFold. ML на структурах