— — — — — — — —
План семестра
Блок 1. Введение и повторение
- Лекция 1. Зачем нам информация о структуре
- Практикум 1. PyMol, FoldIt
- ДЗ 1. PyMol Отчёт
- Лекция 2. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание
Блок 2. Методы получения структур биомолекул
- Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, начало
- ДЗ 2. Электронная плотность Отчёт
- Семинар 1 по РСА
- Лекция 4. Рентгеноструктурный анализ, продолжение
- ДЗ 3. Файл PDB. Альтернативные положения, B фактор, кристалл Отчёт
- Семинар 2 по РСА
- Лекция 5. Рентгеноструктурный анализ, завершение
- ДЗ 4. ProDy. Синтез Фурье Отчёт
- Лекция 6. ЯМР
- Лекция 7. КриоЭМ
- ДЗ 5. ЯМР vs КриоЭМ vs РСА Отчёт
- Лекция 8. Оценка качества расшифровки структуры. Поиск ошибок
- ДЗ 6. Валидация модели Отчёт
- Консультация к коллоквиуму
- Коллоквиум
- Коллоквиум
Блок 3. Структурная биоинформатика
- Лекция 9. Разметка взаимодействий
- Лекция 10. Поверхности, карманы, pKa
- ДЗ 7. Карманы связывания, объем. Докинг Отчёт
- Лекция 11. Вторичная структура
- Лекция 12. Третичная структура, выделение доменов
- ДЗ 8. Вторичная структура Отчёт
- Обсуждение манифеста
- Лекция 13. Пространство укладок. Подобие структур. Структурные выравнивания
- ДЗ 9. Структура/функция. Поиск по структуре Отчёт
- Лекция 14. Структура/функция
- Лекция 15. Подвижность, регуляция и эволюция структур.
- ДЗ 10. Что может AlphaFold2 Отчёт
- Лекция 16. Задачи дизайна. Введение в моделирование.
- Лекция 17. Предсказание структур. AlphaFold. ML на структурах