На главную На страницу седьмого семестра
— — — — — — — —
Задание №1
Сразу бросается в глаза – на первой структуре есть вода, на второй нет, а также отличаются лиганды.
Изображение одного и того же участка на двух структурах. Фиолетовым выделен участок из пяти аминокислот, которые сравниваются друг с другом.
Видно, что изображения имеют очень сильно разное разрешение. В первом случае плотность довольно точно показывает местоположение атомов, в то время как во втором – плотность довольно равномерно и широко распределена вдоль остова, из-за чего местоположение атомов определяется из неё неоднозначно. Из-за этого довольно очевидно, что первая структура (7DHF) сильно лучше второй (7DHE). Это подтверждается также данными с сайта PDB.
Данные структуры 7DHF.
Данные структуры 7DHE.
Задание №2
Структура 7DTM, отображение sticks и mesh. На первой картинке уровень подрезки 1, на второй – 2, на третьей – 3.
Видно, что по мере увеличения уровня подрезки всё меньше остова остаётся выделенно электронной плотностью. Причём первой исчезает электронная плотность с краёв структуры. Думаю, это может быть связано с тем, что по краям сруктура более подвижна, чем в центре, где она удерживается другими участками структуры. Это приводит к тому, что при считывании мы получаем пониженную плотность по краям, и она первой исчезает при повышении требования к отображению.
Задание №3
Лиганд (лимонная кислота) структуры 7DTM, отображение sticks и mesh. На первой картинке уровень подрезки 1, на второй – 2, на третьей – 3.
Мне кажется, что довольно заметно, что исчезновение электронной плотности идёт как раз по наиболее подвижным местам. Кислотные группы хорошо закреплены в данной структуре, в то время как остальная часть более подвижная. Также можно видеть, что присутствует очень большая плотность, которая не показана структурой. Вероятно, это очень неподвижная вода, находящаяся во взаимодействии между кислотой и белком.