Практикум №5

На главную На станицу седьмого семестра

— — — — — — — —

Задание №1

Описание моих PDB IDs:
6UD0 – белок TSG101 (tumor susceptibility gene 101, белок называется так же) в комплексе с диубиквитином, получен методом ЯМР, число моделей равно 20.
2F0R – тот же белок, получен методом РСА, разрешение 2.25 Å.

Далее я сделал сравнение этих двух структур. Отдельные цепи были наложены друг на друга, чтобы посмотреть, насколько сильно отличается макроструктура (рис. 1).

Рис. 1. Сравнение макроструктуры цепей.

Как можно виделть из рис. 1, макроструктура данных цепей почти не отличается, есть лишь небольшие различия в положении отдельных элементов. Далее был рассмотрен конкретный участок, чтобы узнать, как отличается микроструктура данных молекул (рис. 2).

Рис. 2. Сравнение микроструктуры цепей.

На рис. 2 представлен конец цепи, на котором отчётливо видны сильные различия в структуре. Цепь, полученная методом РСА длиннее, та, что получена методом ЯМР, обрывается раньше положенного. Помимо этого видно типовое отличие этих методов получения структур – на структуре ЯМР есть водороды, на РСА – нет.

Задание №2

В данном задании я построил зависимость средних значений RMSF для остатков модели ЯМР от средних значениий B-фактора остатков модели РСА для проверки того, можно ли считать RMSF мерой подвижности белка. Полученный результат представлен далее (рис. 3).

Рис. 3. Зависимость среднего значения RMSF для остатков модели ЯМР от среднего значения В-фактора для остатков модели РСА.

На данном графике расположение точек похоже на случайное, не похоже, чтобы была какая-то зависимость. Соответственно, использовать значения RMSF для оценки подвижности нельзя.

Задание №3

В данном задании я выбрал 3 водородные связи, лежащие в разных частях структуры. Они представлены далее на картинках (рис. 4, 5, 6).

Рис. 4. Водородная связь в альфа-спирали между атомами остова. Связь между аспарагином (27, O) и и лейцином (31, N). Лежат ближе к поверхности глобулы.

Рис. 5. Водородная связь в альфа-спирали между атомами боковой цепи. Связь между серином (4, OG) и глутамином (7, OE1). Лежат ближе к поверхности глобулы.

Рис. 6. Водородная связь в петле. Связь между фенилаланином (44, O) и глицином (47, N). Лежит на поверхности глобулы.

Таблица данных по выбранным водородным связям.

Водородная связь	Расстояние в РСА (Å)	Процент встречаемости в моделях ЯМР	Минимальное расстояние в моделях ЯМР (Å)	Максимальное расстояние в моделях ЯМР (Å)	Медианное значение в моделях ЯМР (Å)
Между остовом в альфа-спирали	2.9	0	3.914	3.916	3.915
Между боковыми радикалами в альфа-спирали	3.5	15	2.497	6.797	5.852
В петле	3.2	100	3.049	3.049	3.049