На главную На страницу седьмого семестра
— — — — — — — —
Задание №1
Для работы использовался белок 177L. Была получена его аннотация при помощи сервисов DSSP и STRIDE. Далее было рассмотрено три примера отличия в аннотации для сравнения качества работы этих методов. Первое отличие заключается в 107 остатке глицина. По аннотации DSSP, он включён в единую альфаспираль, которая начинается до него, а заканчивается после. По STRIDE, он разделяет две альфаспирали. Далее приведена структура белка, где выделен этот остаток (рис. 1).
Рис. 1. Структура белка с выделенным остатком глицина.
Как можно видеть, этот остаток явно находится в петле, которая разделяет две разные альфаспирали, так что я считаю, что STRIDE лучше справился с аннотацией в данном случае.
Следующее отличие заключается в определии границ альфаспиралей. По DSSP, 80 и 84 не относятся к альфа-спиралям, а являются составляющей поворота. По SRTIDE, эти остатки являются последними в альфа-спирали. Я рассмотрел их и их взаимодействия с окружением в PyMol (рис. 2).
Рис. 2. Структура белка с выделением 80 и 84 остатков (показаны фиолетовым), а также 76 и 88, с которыми они вступают во взаимодействия.
Как можно видеть из рис. 2, данные остатки вступают в типичное взаимодействие альфа-спиралей i — i+4, так что я считаю, что в данном случае STRIDE так же лучше справился с аннотацией.
Далее я рассмотрел разницу в аннотации бета-листов. По DSSP, остатки 16 и 57 не являются частью бета-листа, в то время как, по STRIDE, эти остатки входят в бета-лист длинной 1. Они показаны далее на рис. 3.
Рис. 3. Структура белка с выделением 16 и 57 остатка.
Как можно видеть, никаких взаимодействий между этими остатками не наблюдается, а также в принципе идея бета-листа длинной 1 является сомнительной. Так что я считаю, что в данном случае DSSP справился с аннотацией лучше.
Задание №2
После обработки данных была получена таблица со склонностями каждого остатка к образованию разных типов вторичных структур. Примеры остатков, которые значительно чаще образуют один тип вторичной структуры, нежели другие два: глицин сильно чаще входит в состав петель, аланин – альфа-спиралей, валин – бета-листов.