Выравнивание последовательностей

  1. Глобальное парное выравнивание

    2. Таблица 1.
    Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
    Chorismate synthase AROC_ECOLI AROC_BACSU 509.5 35.1% 51.1% 59 16
    Release factor glutamine methyltransferase PRMC_ECOLI PRMC_BACSU 293.0 29.0% 46.8% 21 8
    Aconitate hydratase A ACNA_ECOLI ACNA_BACSU 2647.5 56.4% 71.7% 18 10

  2. Локальное парное выравнивание

    3. Таблица 2.
    Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage1 Coverage2
    Chorismate synthase AROC_ECOLI AROC_BACSU 518.5 36.9% 54.4% 39 12 93.4% 93.8%
    Release factor glutamine methyltransferase PRMC_ECOLI PRMC_BACSU 298.0 30.8% 49.5% 12 6 98.55% 94.79%
    Aconitate hydratase A ACNA_ECOLI ACNA_BACSU 2647.5 56.6% 71.9% 16 9 100% 99,78%

  3. Выравнивание неродственных белков

    4. Таблица 3. Глобальное выравнивание
    Protein name 1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
    Membrane-bound lysozyme inhibitor of C-type lysozyme D-alanine aminotransferase MLIC_ECOLI DAAA_BASCU 25.5 8.2% 15.4% 193 10
    Таблица 4. Локальное выравнивание
    1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage1 Coverage2
    Membrane-bound lysozyme inhibitor of C-type lysozyme D-alanine aminotransferase MLIC_ECOLI DAAA_BASCU 42.5 22.4% 32.7% 38 6 67.9% 36.2%

    Комментарий:

    Здесь проводилось выравнивание белков : Membrane-bound lysozyme inhibitor of C-type lysozyme и D-alanine aminotransferase,разных по функциям. Результаты в таблицах 3 и 4. В результате они имеют очень низкие значения сходства, что означает, что данные белки не являются гомологичными. Локальное выравнивание показало более высокие результаты, чем глобальное. Что логично,так как локальное выравнивание проходит по более короткому участку последовательности белка, чем при глобальном .

  4. Множественное выравнивание

    5. Для выравнивания была выбрана мнемоника AROC_* . В UniProt содержится 700 записей с такой мнемоникой . Из них было выбрано 7: AROC_ECOLI; AROC_BACSU: AROC_RHOBA; AROC_DEIRA; AROC_PSEAE; AROC_LEPIN; AROC_BRADU. Последовательности были получены при помощи Jalview, выравнены с помощью программы Muscle. Ознакомится с выравниванием можно по ссылке .