Мой белок имеет идентификатор 7AAH. Это pERp1, сапозиноподобный белкок, участвующий в созревании IgA, IgM и интегрина в эндоплазматической сети.Также играет роль в гомеостазе кальция ER и подвижности плазматических клеток.
Изображение молекулы белка ниже. Нажмите на кнопку "Start script", чтобы запустить сценарий, и "Resume", чтобы продолжить.
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина N—O | Угол N—H—O |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(112ARG)-O(105ARG) | 2,85 | 158,3 |
| 2 | N(110VAL)-O(107VAL) | 3,13 | 154,4 |
| 3 | N(105ARG)-O(112ARG ) | 2,91 | 159 |
| Бета-складки | |||
| 1 | N(105ARG)-O(112ARG) | 2,91 | 159,8 |
| 2 | N(110VAL)-O(107VAL) | 3,13 | 154,4 |
| 3 | N(112ARG)-O(105ARG) | 2,85 | 158,3 |
Стандартное значение длины водородной связи в альфа-спирали составляет 2,92Å, а значение угла - 160°.
А значение водородной связи между двумя бета-скалдками составляет 2,94Å, а угол - 162°.
Данные немного отличаются от идеальных значений.
1. E.N.Baker, R.E.Hubbard, 1984, Hydrogen bonding in globular proteins.