| Kingdom: | Bacteria |
| Phylum: | Proteobacteria |
| Class: | Gamma Proteobacteria |
| Order: | Vibrionales |
| Family: | Vibrionaceae |
| Genus: | Vibrio |
| Species: | Vibrio cholerae |
Бактерии этого вида вызывают острую кишечную, антропонозную инфекцию-холеру.Она поражает тонкий кишечник и вызывает водянистую диареей, рвоту, быструю потерю организмом жидкости и электролитов. Распространяется, как правило, в форме эпидемий. Эндемические очаги располагаются в Африке, Южной Америке, Индии и Юго-Восточной Азии.Эпидемия холеры в южной Азии существует не менее 1000 лет,что связано с плохими санитарными условиями.составляет значительную часть культивируемых гетеротрофных бактерий океанов, прибрежных вод и устьев рек.[1]
Цепь A1 катализирует ADP-рибозилирование Gs-альфа, GTP-связывающего регуляторного белка, для активации аденилатциклазы. Это приводит к перепроизводству cAMP и, в конечном итоге, к гиперсекреции хлоридов и бикарбонатов с последующим введением воды, что приводит к характерному для холеры стулу. Цепочка A2 связывает A1 с пентамерным кольцом.
В таблице 2 можно найти общую информацию о белке. [2]
| Раздел UniProtKB | Swiss-Prot |
| UniProt ID | CHTA_VIBCH |
| UniProt AC | P01555; Q56634; Q9JPV1; |
| EMBL | X00171; CAA24995.1;X58785; CAA41590.1;D30053; BAA06290.1;X58786; CAA41592.1;K02679; AAA27514.1;AF175708; AAD51359.1;AE003852; AAF94614.1;K01170; AAA27572.1;D30052; BAA06288.1; |
| PDB ID | 1S5B;1S5C;1S5D;1S5E;1S5F;1XTC; 2A5D;2A5F;2A5G; |
| Length | 258 AA |
| Molecular weight | 29,366 KDa |
| Recommended Name | Full=Cholera enterotoxin subunit A |
| Alternative name | Full=Cholera enterotoxin, A chain; |
Здесь проводился поиск кластеров, в которых состоит анализируемый белок. Результаты в таблице 4
В UniRef 100 входят белки, у которых 100%-ное совпадение по аминокислотному составу. В кластере UniRef 100 иследуемого белка находится 39 белков, причем он является одновременно репрезентативным и сидом. Но также он является репрезентативным и сидом для кластеров с 90%-ным совпадением(UniRef 90) и 50%-ным совпадением(UniRef 50). В кластере UniRef 90 находится 60 белков,а в кластере UniRef 50 143 белка. Небольшие размеры кластеров говорят о малом таксономическом распространении анализируемого белка.
| БД | ID кластера | Кластер | Белки |
|---|---|---|---|
| UniRef 100 | UniRef100_P01555 | Cluster: Cholera enterotoxin subunit A | 39 |
| UniRef 90 | UniRef90_P01555 | Cluster: Cholera enterotoxin subunit A | 60 |
| UniRef 50 | UniRef50_P01555 | Cluster: Cholera enterotoxin subunit A | 143 |
В качестве референсного протеома была выбрана Escherichia coli (up000000625), так как хорошо изучена . Третью группа поможет нам сравнить изученность протеомов, в которых почти все белки из Swiss-Prot.
| Группа | E.Coli | Vibrio cholerae | Запрос |
| Всего | 4437 | 2794 | organism:"Vibrio cholerae" and proteome:UP000000584 |
| Swiss-Prot | 4389 | 988 | reviewed:yes and organism:"Vibrio cholerae" and proteome:UP000000584 |
| Ферменты | 1687 | 881 | ec:* and organism:"Vibrio cholerae" and proteome:UP000000584 |
| Трансмембранные | 956 | 817 | annotation:(type:transmem) and organism:"Vibrio cholerae" and proteome:UP000000584 | Подтверждены на уровне белка | 3055 | 280 | existence:"evidence at protein level [1]" and organism:"Vibrio cholerae" and proteome:UP000000584 |
[1]Vibrio cholerae in the environment, A.Soomro ,J Coll Physicians Surg Pak . 2004 Aug;14(8):509-12.
[2]Evidence that a non-O1 Vibrio cholerae produces enterotoxin that is similar but not identical to cholera enterotoxin,K Yamamoto, Y Takeda, T Miwatani, J P Craig,Infect Immun . 1983 Sep;41(3):896-901. doi: 10.1128/IAI.41.3.896-901.1983.