С помощью программы fiber пакета 3DNA были сгенерированы A-, B- и Z- формы ДНК и рассмотрены с помощью JMol. Ссылки на скачивание файлов в формате pdb: A-форма, B-форма, Z-форма. Для выполнения 1 упражнения была взята pdb структура 3v9d A-формы ДНК. Был выбран аденин [DA]8:A. Атомы [DA]8:A.N3, [DA]8:A.C2 и [DA]8:A.N9 смотрят в малую бороздку (обозначены синим); атомы [DA]8:A.N6, [DA]8:A.C6, [DA]8:A.N7, [DA]8:A.C5 смотрят в большую бороздку (обозначены красным). С помощью программы MarvinSketch было получено изображение остатка аденина с вышеупомянутой расцветкой атомов.
Далее было проведено сравнение 3 различных форм ДНК (сгенерированных с помощью программы fiber), результаты которого проиллюстрированы в таблице 1.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.81 ([DG]5:A.P - [DA]38:B.P) |
17.91 ([DG]13:A.P - [DC]24:B.P) |
11.58 ([DG]11:A.P - [DC]32:B.P) |
| Ширина малой бороздки | 7.98 ([DC]28:B.P - [DT]7:A.P) |
11.69 ([DG]33:B.P - [DC]12:A.P) |
7.2 ([DG]27:B.P - [DG]17:A.P) |
С помощью пакета 3DNA и команды "find_pair -t 1u0b.pdb stdout | analyze" был получен набор файлов с описанием различных параметров структуры. В файле 1u0b_old.out была получена информация о торсионных углах нуклеотидов.
Для сравнения полученных углов с таковыми у A- и B- форм ДНК было посчитано среднее значение торсионных углов в Т-РНК. В результате углы Т-РНК получились сильно отличными от таких у ДНК и лишь некоторые из них были приближены к таковым значениям у A-ДНК( с B-ДНК сходств меньше).
В том же файле 1u0b_old.out были найдены координаты стеблей Т-РНК.
Каждый из 4 стеблей выделен цветом. Номера входящих в стебли нуклеотидов:
1) 1-7/66-72
2) 8-12/61-65
3) 38-44/26-32
4) 23-25/23-25
Были найдены неканонические пары:
54U-58A; 55U-18G; 36A-33U; 38A-32U; 43U-27G; 44C-26A; 13A-9A; 14A-8U; 15G-48G; 16C-59C; 19G-56C; 73U-74C;
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:
54U-58A; 55U-18G; 36A-33U; 15G-48G; 16C-59C; 19G-56C; 73U-74C; 13A-9A; 14A-8U;