Из заданий практикума был выбраны блоки про String и Human Protein Atlas. Был получен список 17 белков из файла list16.txt.
1. Граф взамодействий белков.
2. 3D-структуры есть для всех 17 белков.
3. Белки соединены всеми возможными видами связей. Больше всего связей from curated databases и textmining.
4. Таблица Gene Coocurance.
Таблица показывает наличие гомологов белков у разных таксономических групп. Наиболее консервативными белками оказались HEXA, HEXB, GUSB, GLB1 и ARSB. Все 17 белков появляются уже на ветке подцарства многоклеточные.
5. Совместную экспрессию белков можно посмотреть на картинке ниже.
У человека значительная коэкспрессия наблюдается у белков GLB1 и CTSA, HEXA и CTSA и HEXB и GLB1. Самый большой уровень коэкспрессии наблюдался у первой пары белков (0.318) и у второй (0.178). Что интересно, первая пара белков коэкспрессируется в человеке в большей степени чем у других организмов (больше всего у Arabidopsis thaliana - 0.215), тогда как вторая пара имеет примерно тот же score как и у человека (0.171 у Bos taurus).
1. Для данного задания был взят ген с ID GLB1 (Galactosidase beta 1).
2. Этот ген кодирует одного из членов семьи белков гликозил гидролаз 35. В результате альтернативного сплайсинга образуется множество разных транскриптов и один из них кодирует препротеин, который в последствии преобразуется в зрелый фермент лизосом. Этот фермент катализирует гидролиз терминального бета-связанного остатка галактозы из ганглиозидных субстратов и других гликоконъюгатов.
3. Данный белок не имеет специфичность расположения в мозге человека.
4. Белок главным образом располагается в везикулах, а также в аппарате Гольджи.
5. Если рассматривать РНК, то она экспрессируется во всех тканях тела. Белок же не экспрессируется в глазах и крови.
6. Экcпрессия РНК наблюдается везде. Больше всего экспрессируется в эпидидимисе и дендритных клетках.
