Для данного практикума был выбран мембранный белок ACE2 (Ангиотензинпревращающий фермент 2). Многие мембранные белки могут использоваться вирусами человека как места для проникновения в клетку. Данный белок является точкой прониконовения для таких немалоизвестных вирусов как SARS-CoV и SARS-CoV-2. Этот фермент катализирует превращение ангиотензина I в ангиотензин 1-9 и ангиотензина II в ангиотензин 1-7, ответственен за лизис таких белков как апелин, невротензин, динорфин А и т.д. Кроме того, spike S1 белок упомянутых выше вирусов соединяется с ферментативным доменом ACE2, что приводит к эндоцитозу и переходу в эндосомы вирусных частиц и самого фермента. Из базы данных UniProt была скачана последовательность белка ACE2 (AC:Q9BYF1) и использована в сервисе по предсказанию трансмембранных участков TMHMM. Его вывод можно увидеть на картинке ниже.
Была обнаружена 1 трансмембранная хеликаза длиной примерно в 23 аминокислотных остатка. Вероятность того, что N-домен белка находится на внутренней (цитоплазматической) стороне мембраны незначительна - всего 0.786%. Так как в первых 60 аминокислот фермента не встретилось больше 10 белков хеликазы, то можно считать, что N-домен хеликахы не является сигнальным. большая часть белка находится снаружи. Трансмембранным является участок с 741 по 763 аминокислоту. Участок белка с 764 по 780 остаток находится внутри клетки.
Затем, с помощью сервисов OPM и PDBTM была представлена структура данного фермента с белком B(0)AT1 (Натрий-зависимый белок-транспортер нейтральных аминокислот) и spike S1 белком SARS-COV-2. На картинках фермент ACE1 розовый или розово-фиолетовый. Картинка слева получена из базы PDBTM, а справа - OPM. На 2 рисунке отчетливо видна трансмембранная хеликаза.
