Паралоги и ортологи

Поиск гомологов

Для поиска гомологов белка из E.coli CLPX была создана база из протеомов отобранных бактерий и проведен blastp белка по этой базе. Результаты blastp:

                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  sp|Q2RL30|CLPX_MOOTA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   533    0.0   
  sp|A5I6W0|CLPX_CLOBH ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   530    0.0   
  sp|Q81LB9|CLPX_BACAN ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   513    2e-180
  sp|Q5HNM9|CLPX_STAEQ ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   499    4e-175
  sp|Q833M7|CLPX_ENTFA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   498    2e-174
  sp|P63791|CLPX_STRPN ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   486    4e-170
  tr|Q5FKR6|Q5FKR6_LACAC ATP-dependent Clp protease ATP-binding s...   484    3e-169
  sp|Q834K4|HSLU_ENTFA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...   103    3e-24 
  sp|Q5FKD8|HSLU_LACAC ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...   101    1e-23 
  tr|Q2RJP5|Q2RJP5_MOOTA ATP-dependent protease ATPase subunit Hs...   100    4e-23 
  sp|Q81WK6|HSLU_BACAN ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  98.2    2e-22 
  sp|Q5HPT8|HSLU_STAEQ ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  93.6    8e-21 
  tr|A5I766|A5I766_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  52.0    2e-07 
  tr|Q2RLR4|Q2RLR4_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  50.1    6e-07 
  tr|A0A0H2USJ7|A0A0H2USJ7_STRPN ATP-dependent Clp protease, ATP-...  50.4    6e-07 
  tr|Q5FHW6|Q5FHW6_LACAC UVR domain-containing protein OS=Lactoba...  48.9    2e-06 
  tr|Q2RLP6|Q2RLP6_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  48.5    2e-06 
  tr|A5I7Q0|A5I7Q0_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  46.2    1e-05 
  sp|O69076|FTSH_STRPN ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS...  46.2    1e-05 
  tr|A0A347ZXP1|A0A347ZXP1_BACAN ATP-dependent zinc metalloprotea...  43.1    1e-04 
  tr|Q2RM95|Q2RM95_MOOTA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  43.1    1e-04 
  tr|A0A1Q4LW06|A0A1Q4LW06_BACAN AAA domain-containing protein OS...  42.4    2e-04 
  tr|Q5FMA3|Q5FMA3_LACAC ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  42.4    2e-04 
  sp|Q5HPD3|Y979_STAEQ Uncharacterized protein SERP0979 OS=Staphy...  41.6    3e-04 
  tr|A5I501|A5I501_CLOBH AAA domain-containing protein OS=Clostri...  41.6    3e-04 
  tr|Q839B1|Q839B1_ENTFA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  41.6    4e-04 
  tr|A5HYU4|A5HYU4_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  41.2    4e-04 
  tr|Q5HRP3|Q5HRP3_STAEQ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  41.2    6e-04 
  tr|Q2RJJ8|Q2RJJ8_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  40.4    9e-04 

Реконструкция и визуализация

В результате работы с выравниванием было построено дерево методом максимального правдоподобия. Скобочную формулу в формате .nwk можно посмотреть здесь. Сначала были выделены цветом разные ортологичные группы. К ортологам относятся, например: CLPX_MOOTA и CLPX_CLOBH, HSLU_ENTFA и HSLU_LACAC, A5I7Q0_CLOBH и Q2RM95_MOOTA. К паралогам относятся, например: A5I501_CLOBH и A5HYU4_CLOBH, Q2RLP6_MOOTA и Q2RJJ8_MOOTA, Q5FHW6_LACAC и Q5FMA3_LACAC.

Затем ортологичные группы были "схлопнуты" и подписаны. Реконструкция филогении по этим белкам отличается от филогенетического дерева бактерий.