Для выполнения задания был выбран белок AC: O05886. Этот белок был выделен из бактерии Mycobacterium tuberculosis H37Rv, и является фактором гибернации рибосомы. При использовании PSI-BLAST была составлена таблица итераций, которую можно посмотреть по ссылке. В итоге получилось семейство гомологичных белков, выполняющих схожую функцию. Так, большая часть является, как и исходный белок, факторами гибернации рибосомы, другие же выполняли сходные функции. Выдачу BLAST можно увидеть на картинке ниже.
В данном задании нужно было сделать предсказание о специфичности эндонуклеаз рестрикции в геноме бактерии (Fibrobacter succinogenes subsp. succinogenes S85). Для того, чтобы получить последовательности сайтов рестрикции была использована команда "cut -f 5 TypeII_REs.tsv pr8.txt", а для сортировки и выявления уникальных последовательностей была использована команда "sort -u pr8.txt > pr8_1.txt". Также был удален заголовок, сайт, состоящий только из 1 цитозина и строка с неопознанным сайтом.
Затем была оценена представленность этих сайтов в геноме бактерии с помощью команды "cbcalc -s pr8_1.txt -o pr8.tsv --burge succ.fasta", а затем были отсортированны командой "pr8.tsv -sort -k5,5g > final_pr8.tsv", так что сайты в полученном файле были расположены по возрастанию. Были отобраны 12 сайтов с контрастом < 0.8. Отобранные сайты можно скачать по ссылке.
На 3 этапе с помощью программы excel из таблицы TypeII_REs.tsv были отобраны только те эндонуклеазы, которые содержали no в столбце "Predicted" и были бы специфичны к полученным на предыдущем этапе сайтам. Файл с таблицей можно скачать по ссылке.
Назад