В результате работы с PyMol было получено изображение центра связывания рецептора и R-бикалутамида (обозначен зеленым цветом). R-бикалутамид Бикалутамид действует как высокоселективный конкурентный нейтральный антагонист андрогенового рецептора (IC50 = 159–243 нМ), являющегося основной биологической мишенью андрогенных половых гормонов. Данный антиандроген чаще всего используется для лечения рака простаты.
Возможные водородные связи обозначены желтыми пунктирными линиями, pi взаимодействия - оранжевыми. Водородные связи между R-бикалутамидом и карманом связывания рецептора обнаруживаются в двух разных областях. Цианогруппа в кольце A расположена на расстоянии 3,0 Å и 3,4 Å от атомов азота в боковых цепях Arg-752 и Gln-711 соответственно, и на расстоянии 3,2 Å от молекулы воды, что может указывать на возможное образование водородных связей. Кислород остова Leu-704 расположен на расстоянии 3,2 Å от амидного азота бикалутамида, тогда как азот боковой цепи Asn-705 наблюдается на расстоянии 2,3 Å от гидроксильной группы лиганда. Кольцо А лиганда, вероятно, вступает в Т-стекинг взаимодействие с Phe-764 (расстояние между кольцами – 5,3 Å). Аминокислотные остатки Met-742, Val-746, Met-787, Leu-873, Leu-704, Leu-707, Met-745 и Phe-764 создают гидрофобный карман вокруг кольца А и, вероятно, вступают в Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия с лигандом. Остатки Met-895, Ile-898, Ile-899, Leu-741 и Met-742 отвечают за образование гидрофобного кармана у кольца B. Также фтор у данного кольца расположен на расстоянии 2,8 Å от молекулы воды (возможная водородная связь).
Ссылка на сессию PyMol здесь.
Используемая литература: