Конформация A для ARG450
Конформация B для ARG450
YTH домен-содержащий белок 1 человека является ядерным РНК-ссвязывающим белком, который участвует в выборе сайта сплайсинга и локализуется в YT тельцах: динамических субъядерных компартментах, которые впервые появляются в начале S-фазы клеточного цикла и рассеиваются во время митоза.
Были рассмотрены 2 альтернативные конформации остатка ARG450. Данные конформации похожи, отличаются положением боковой цепи в пространстве. В первом случае в явном виде можно обозначить 2 водородные связи, взаимодействующие с кислородом остова. Во втором случае было обнаружено лишь 1 водородная связь была образована с тем же кислородом.
Хотя конформации немного различаются, основываясь на количестве водородных связей можно сделать вывод, что населенность атомов первой конформации будет немного больше, чем для второй, что и подтверждается данными из файла PDB. Населенность атомов из 1 конформации составляет 0.59, для 2 - 0.41.
Ссылка на сессию PyMol данной части задания здесь.
B-факторы у атомов белка можно рассматривать как величины, показывающие относительное колебательное движение различных его частей. Атомы с низким B-фактором относятся к хорошо упорядоченной части белка, атомы с высоким B-фактором принадлежат к его особо гибким частям. Остов белка был покрашен по величине b-фактора, где синим обозначены структуры с низкими значениями фактора, а красным с высокими. Как и ожидалось, многие атомы гибких частей структуры, отдаленных от его центра, были окрашены в красный, тогда как атомы в более жестких частях структуры ближе к центру оказались синими.
После этого вся структура белка (а не только остов) была окрашена по B-фактору и был найден остаток HIS427, у которого боковой радикал краснел к его окончанию. Этот остаток является частью одной из петель, а его радикал смотрит наружу белка, что, вероятно, и обуславливает такую окраску радикала. Для сравнения были взяты остатки, сосесдствующие с данным (TRP429 и VAL429), которые были окрашены синим цветом и не выступали наружу. Была рассмотрена их элекронная плотность на разном уровне подрезки. Как и ожидалось, на 2 и 3 уровне подрезки электронная плотность вокруг радикала HIS427 исчезала более интенсивно, чем у двух других остатков, что обуславливается его повышенной подвижностью. На 3 уровне подрезки электронная плотность была видна лишь у некоторых атомов остова и у жестких ароматических колец TRP428.
Ссылка на сессию PyMol данной части задания здесь.
Также были рассмотрены соседи исходного белка в кристалле. Белок 6ym6 является гомодимером, поэтому его соседями по кристаллу будем считать такие жн гомодимерные структуры. При обрезке в 20 Å было получено изображение, иллюстрирующее структуру кристалла. Затем были оставлены белки, являющиеся ближайшими соседями. Таких оказалось 4 белка: 2 из них входят в близкий контакт с исходным белком (обозначен зеленым цветом), а 2 других имеют с ним по одной водородной связи. Другие соседи не имеют взаимодействий или практически не взаимодействуют с исходным белком.
Ссылка на сессию PyMol данной части задания здесь.
Назад