Аргининосукцинат-синтаза
Аргининосукцинат-синтетаза (argininosuccinate synthase) – один из ферментов цикла мочевины. Катализирует предпоследнюю реакцию биосинтеза аминокислоты аргинина – АТФ-зависимое присоединение цитруллина к аспартату с образованием аргининосукцината, АМФ и пирофосфата (рис.1).
Рис.1 Схема катализируемой реакции.
В таблице №1 приведены данные о данном белке, его гене и их идентификаторах в разных базах.
Файлы с последовательностями:
- Файл с аминокислотной последовательностью белка аргининосукцинат-синтетазы в формате fasta
- Файл с нуклеотидной последовательностью гена аргининосукцинат-синтетазы в формате fasta
Таблица №1. Информация о белке аргининосукцинат-синтазе из организма Picrophilus torridus DSM 9790
(идентификатор белка в базе данных RefSeq YP_023308)
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | PTO0530 |
| Имя гена | /gene | нет |
| Идентификатор гена в базе Gene | /db_xref="GeneID ... | 2844608 |
| Начало гена в геноме, № нуклеотида | — | 553462 |
| Конец гена в геноме, № нуклеотида | — | 554649 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | — | прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | — | 1188 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | protein_id | YP_023308 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | — | 396 |
Окружение гена аргининосукцинат-синтазы в геноме P.torridus (идентификатор YP_023308)
Рис.2 Окружение гена аргининосукцинат-синтазы (идентификатор YP_023308, выделен рамкой) из археи P.torridus. Красным цветом показаны последовательности генов. Стрелками обозначено направление транскрипции (вправо - прямая цепь, влево - обратная) Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. Полноразмерное изображение можно открыть по щелчку в новой вкладке.
-
Ближайшие соседние гены: c 5'-конца YP_023307, с 3'-конца YP_023309.
-
Направление изучаемого гена YP_023308 (аргининосукцинат-синтазы) +1 (прямая цепь).
-
YP_023307 - неизвестный гипотетический белок. Направление -1 (обратная цепь). Расстояние до YP_023308 120 н.п., рамка считывания относительно YP_023308 -0. По-видимому, не входит в один оперон с геном аргининосукцинат-синтазы, т.к. расположен на другой цепи.
YP_023309 - аргининосукцинат-лиаза (катализирует образование аргинина и фумарата из аргининосукцината). Направление +1. Перекрывается с YP_023308 (расстояние до него =0), рамка считывания относительно YP_023308 +2 (cм. рис.3).
Вероятно, гены YP_023308 и YP_023309 составляют оперон, т.к. они связаны функционально и расположены рядом. Возможно, их белковые продукты синтезируются с одной мРНК. При этом следующий ген с 3'-конца (YP_023310,валил-тРНК-синтаза, расположение +1) не входит в этот оперон (т.к. не связан функционально с рассматриваемыми генами).
Ближайший к YP_023308 ген на комплементарной цепи с 5'-конца расположен на расстоянии 0 генов (соседний YP_023307).
Ближайший ген на комплементарной цепи с 3'-конца расположен на расстоянии 2 гена.
Рис.3 Перекрывание генов YP_023308 и YP_023309.
Ссылки.
Окружение аргининосукцинат-синтазы на ресурсе NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2844608