Для выполнения заданий был взят белок, с которым я работала ранее, - аргининосукцинат-синтетаза археи Picrophilus torridus DSM 9790. Идентификаторы данного белка в базах данных:
| База данных | Идентификатор |
| RefSeq | WP_011177331.1 |
| UniProt | Q6L1N7 |
Файл с результатами работы в виде проекта программы Jalview доступен по ссылке
Задание 1. Поиск доменов, встречающихся в последовательности белка, с помощью БД Pfam.
Файл с множественным выравниванием последовательностей seed.
Был найден всего 1 домен – Arginosuc_synth. Семейство - Arginosuc_synth (PF00764). Результаты поиска представлены на рис.1
Рис.1 Результаты поиска доменов в последовательности белка ASSY_PICTO с помощью БД Pfam
Задание 2. Построение консенсусной последовательности и LOGO одного блока в полученном выравнивании.
Был выбран блок 319-367 (отмечен в проекте JalView в стоке разметки Chosen_block). См. рис. 2
Рис.2 Множественное выравнивание seed семейства белков Arginosuc_synth: блок, выбранный для выполнения задания 2.
Logo получен с помощью сайта http://weblogo.berkeley.edu/
Рис.3 Logo выбранного блока в множественном выравнивание seed семейства Arginosuc_synth.
Консенсусная последовательность:
-
полученная с помощью программы cons на сервере http://emboss.bioinformatics.nl/ :
AELVYnGLWYsPLKEaLDAFIDKTQERVTGxVRVKLYKGSVXVVGReS
-
полученная с помощью JalView:
AELVYDGLWFSPLKEALDAFIDKTQERVTGIVRVKLFKGSARVLGRES
Задания 4. Паттерны.
Требовалось с помощью сервиса http://prosite.expasy.org/scanprosite построить сильный и слабый паттерны для одного из блоков или кластеров выравнивания и найти число последовательностей, содержащих мотив с данным паттерном, в БД SwissProt.
Рис.4 Результаты поиска паттернов
В поиске по всем паттернам, кроме последнего, все найденные последовательности - это аргининосукцинат-синтазы. При поиске по самому сильному паттерну были найдены все последовательности из seed. Результаты поиска последнего паттерна в основном состоят из негомологичных белков, не присутствовавших во множественном выравнивании в предыдущем практикуме, и явно по большей части случайны.