Учебный сайт Ивановой Софьи

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Jmol output:

Данный белок содержит 2 гидрофобных ядра, состоящих из 505 и 126 атомов соответственно, разделенных бета-складчатым листом. Вывод об их наличии был сделан по результатам работы алгоритма CluD. Были получены данные о наличии двух больших гидрофобных кластеров (505 и 126 атомов) и нескольких много меньших ( < 12 атомов).

Гидрофобное ядро более-менее равномерно отдельными атомами выходит на поверхность белковой глобулы, крупные гидрофобные участки на поверхности отсутствуют, за исключением небольшой борозды (core1). Предположения насчет ее функции у меня отсутствуют.

Атомы, которые полностью покрывают поверхность выбранного аминокислотного остатка, расположены на расстоянии <= 6 ангстрем.

Характерное расстояние между соседними атомами в белке 4-5 ангстрем (согласно учебникам; но в выбранном мной участке гиброфобного данного белка - 5-6 ангстрем). (На таком расстоянии появляется большинство атомов, которые почти полностью закрывают выбранный остаток).

Может ли между соседними атомами поместиться еще один? Например, молекула воды. Ван-дер-ваальсов радиус молекулы воды 1.4 ангстрема. Видимо, она не может поместится в гидрофобном ядре, так как в среднем промежутке в 5 ангстрем должна поместиться она сама (шар диаметра 2.8 А°) и радиусы соседних атомов белка (тоже около 1.2 - 1.5 А° на каждого, итого около 3 А°). Кроме того, молекула воды полярна.

С помощью программы Jmol получено изображение белка FadR в комплексе с ДНК. FadR - бактериальный транскрипционный фактор, ответственный за регулирование метаболизма жирных кислот.

Вообще белки, связывающие ДНК, весьма разнообразны и выполняют большой спектр функций. К ним относятся гистоны, отвечающие за упаковку ДНК в хромосомы, группа белков, участвующих в репликации, транскрипции и исправлении ошибок в ДНК, а также большое количество белков-транскрипционных факторов, связывающихся с ДНК и специфически изменяющих активность генов, таким образом регулируя метаболизм клетки и всего организма.

На изображении, полученном с помощью Jmol, видно, что FadR связывается с ДНК в области малой и большой бороздок. Причем в связывании участвуют в основном полярные и заряженные аминокислоты. С сахарофосфатным остовом ДНК, который заряжен отрицательно за счет фосфатных групп, взаимодействуют положительно заряженные аминокислотные остатки белка.