Учебный сайт Ивановой Софьи

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task

Jmol output:

С помощью программы Jmol и написанного скрипта было получено изображение водородных связей между белком и ДНК. ДНК-белковый комплекс тот же, что и в задании 3 практикума 2. Белок, - FadR, - бактериальный транскрипционный фактор, ответственный за регулирование метаболизма жирных кислот.

По результатам работы программы можно сказать, что в данном ДНК-белковом комплексе образуется 13 водородных связей между ДНК и белком.

Водородные связи в данном случае нужны для связывания белка с ДНК, что необходимо для выполнения транскрипционным фактором своих функций (изменения активности определенных генов).

С помощью программы Jmol и написанного скрипта проделан анализ данных, полученных методом ЯМР, с целью изучить подвижность атомов в разных участках белка. Для шести аминокислотных остатков было измерено максимальное расстояние между положениями определенного атома в имеющихся моделях белка. Были взяты 3 аминокислотных остатка из середины альфа-спиралей и 3 аминокислоты из краевых цепей белка. Для каждого остатка были измерены параметры С-альфа атомов и концевых атомов, наиболее удаленных от центра белковой глобулы. Результаты представлены в таблице 1.

Исходя из измерений, можно заключить, что наиболее подвижны краевые части белка. Что касается атомов одного и того же аминокислотного остатка, концевые атомы радикала значительно более подвижны, чем атомы, образующие остов (пептидную связь).

Таблица 1. Подвижность атомов в разных участках третичной структуры белка.