Практикум 5.
Задание 1.
Идентификаторы записей белка аргининосукцинат-синтазы из Picrophilus torridus DSM 9790 в базах данных:
(Для UniProt указан AC).
Ссылки на записи белка в БД:
Задание 2.
История изменений записи Uniprot
• Белок был добавлен в БД TrEMBL
• Добавлен мнемонический ID, удалены некоторые сведения
• Белок был интегрирован в БД Swiss-Prot, т.е. информация была просмотрена и аннотирована специалистом. Добавлена последовательность, новая версия названия белка, организма, идентификаторы.
• Добавлена новая версия нуклеотидной п-ти гена, ссылки на другие базы данных (в т.ч. PubMed), обновленный список авторов публикации; затем некоторые сведения были удалены.
• Добавлена информация о белке: описание катализируемой реакции, четвертичная структура, местонахождение в клетке, принадлежность к субсемейству белков.
• Добавлены ссылки на другие базы данных:
• Добавлена информация о сайтах связывания и ключевые слова
Задание 3.
Сравнение гомологов белка аргининосукцинат-синтазы из Picrophilus torridus DSM 9790
Длина гомологов различается незначительно, она варьируется от 395 до 402 ак, максимальное различие – 7 ак. Трехмерная структура известна только для одного из данных гомологичных белков, но имеется в двух вариантах. Функция данных гомологов одинакова с точностью до катализируемой реакции (что неудивительно).
Ссылка на таблицу в формате Excel
Задание 4.
Представление в записи белка в UniProt информации о полиморфизме (на примере транскрипционного фактора PIF3 из Arabidopsis thaliana, UniProt ID PIF3_ARATH)
FT VARIANT 124 124 E -> D (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 141 141 K -> N (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 176 176 Q -> H (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 186 186 Q -> K (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 209 209 F -> L (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 220 220 T -> I (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.
FT VARIANT 236 236 V -> I (in strain: cv. An-2 and cv. Su-
FT 0). {ECO:0000269|PubMed:17614917}.