Практикум 8.
1.Отнесение белка аргининосукцинат-синтазы (AC Uniprot Q6L1N7)
из археи Picrophilus torridus DSM 9790 к терминам GO
1. С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST нужно было обнаружить в БД GO белок, который наиболее похож на данный.
Организм, которому принадлежит находка, - Dehalococcoides mccartyi 195
Lineage( full ) cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Chloroflexi; Dehalococcoidia; Dehalococcoidales; Dehalococcoidaceae; Dehalococcoides; Dehalococcoides mccartyi)
E-value для наилучшей находки = 1.5e-83
Identities = 170/383 (44%)
Функция белка та же самая, это аргининосукцинат-синтаза. Организм, которому принадлежит лучшая находка, относится к бактериям, а Picrophilus torridus - к археям. Несмотря на это, выравнивание весьма хорошее, с маленьким E-value и неплохим значением идентичности последовательностей. На мой взгляд, сходство белков достаточное для переносения терминов GO с находки на мой белок.
Для получения необходимых данных я перешла на страницу белка-находки ( щелчок по названию в таблице с результатами BLAST, потом вкладка View associations). Вся нужная информация нашлась в таблице на этой странице. Результаты представлены в таблице 1. К данному белку относится по одной записи в аспектах "биологический процесс" (Biological process) и молекулярная функция. Вероятно, потому, что белок - фермент, катализирующий только одну реакцию. Бактерия Dehalococcoides ethenogenes интересна в том плане, что является единственной бактерией, осуществляющей восстановительное дехлорирование загрязнитлей грунтовых вод, тетрахлорэтилена и трихлорэтилена, превращая их в этилен. Очевидно, ее изучение имеет определенною пракутилитарную ценность, что объясняет хорошо аннотированные гены. Исследованию генома этой бактерии было посвящено исследование: ссылка на статью.
Чтобы узнать подробности о коде типа достоверности, я щелкнула по нему, прошла по ссылке и прочитала описание. Подробности в таблице 2.
2. Описание термина GO:0006526
Для термина arginine biosynthetic process (GO:0006526) нашлись и дети, и родители, поэтому я выбрала данный термин для описания и перешла по ссылке на его страницу. Информация о GO:0006526 представлена в таблице 3. Данные взяты с его страницы, из поля "Term information", а также из вкладки "Ancestors and children".
Для получения рисунка, изображающего отношения термина GO:0006526 с его родителями, я перешла на вкладку Graph Views. Результаты представлены на рис.1. Для данного термина с родителями есть только отношения is_a (черные стрелки на рис.1, направлены от детей к родителям). Наверху расположен главный родитель, в самом низу - исходный термин.
У термина GO:0006526 есть два прямых родителя, остальные определены логически. Это иллюстрирует граф.
Логическая цепь в целом выглядит так: метаболизм конкретной аминокислоты --> группы аминокислот --> более широкой группы химических веществ --> общие метаболические процессы --> широкие биологические понятия.
В логических узлах присутствуют ссылки на другие организмы.
Рис.1 Граф, описывающий отношения термина GO:0006526 с родителями
Мне трудно сказать, насколько представленная информация полезна, поскольку я пока не сталкивалась с ситуациями, в которых она могла бы мне понадобиться в явном виде. Теоретически, логические связи между терминами могли бы подсказать область научных поисков при иследовании какого-нибудь процесса, подтолкнуть к новому взгляду на проблему.