Визуализация молекул в JMol

Практикум 1

• Краткое описание белка
  3K0L - регулятор транскрипции семейства MarК Acinetobacter sp., состоит из двух идентичных по первичной структуре цепей, в каждой по 162 аминокислоты.^[1]

• Визуализация

  Скрипт можно скачать здесь

• Табл. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

  #	Имена атомов и цепь	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
  Альфа-спирали
  1	N(68PHE)-O(64ALA):a	2,96	145,6
  2	N(66ARG)-O(62LYS):a	3,08	153,3
  3	N(67SER)-O(63LEU):a	2,83	157,8
  4	N(65GLU)-O(61ALA):a	3,29	149,2
  5	N(63LEU)-O(59SER):a	2,9	166,6
  Среднее		3,012	154,5
  Бета-слои
  1	N(88GLU)-O(102THR):a	2,71	159,1
  2	N(102THR)-O(88GLU):a	2,8	166,9
  3	N(100LEU)-O(90ALA):a	2,6	168,5
  4	N(102THR)-O(88GLU):b	2,76	166,2
  5	N(90ALA)-O(100LEU):b	2,97	146,7
  Среднее		2,768	161,48

• По средним значениеям результатов 10 измерений можно предположить, что длина водородных связей в бета-листе немного меньше, а углы при них - тупее. Это, вероятно, говорит о том, что связи в бета-листе сильнее.

• Источники

  1. PDB