EMBOSS

Практикум 7

• Задание 1

  Proteom ID	Название организма	Количество белков	Количество остатков
  UP000000625	Escherichia coli K12	4306	1356195
  UP000007095	Burkholderia sp. CCGE1001	6403	2063536

  
  В задании я рассматривал протеом своей бактерии Burkholderia sp. CCGE1001 и Escherichia coli K12. Общая информация о протеомах представлена в таблице выше.
  
  

  Oстаток	Burkholderia sp. CCGE1001, %	Escherihia coli, %	Разность, %
  A	12.96	9.51	3.45
  L	10.21	10.67	0.47
  G	8.16	7.37	0.78
  V	7.70	7.07	0.63
  R	7.04	5.51	1.53
  S	5.77	5.80	0.03
  T	5.33	5.40	0.07
  D	5.31	5.15	0.16
  E	5.20	5.76	0.56
  P	5.08	4.43	0.66
  I	4.59	6.01	1.42
  F	3.67	3.89	0.23
  Q	3.60	4.44	0.84
  K	3.10	4.41	1.31
  N	2.86	3.95	1.09
  Y	2.41	2.85	0.44
  H	2.36	2.27	0.09
  M	2.35	2.82	0.47
  W	1.36	1.53	0.18
  C	0.95	1.16	0.21

  
  Таблица была получена с помощью программы на языке Python и функции Excel "сцепить". Программы запускается в командной строке "python emb.py 'имя файла встречаемости моей бактерии' 'имя файла встречаемости другой бактерии' 'имя выходного файла'", пример - "python emb.py a.txt b.txt out.txt". Файлы встречаемости получены при помощи программы EMBOSS wordcount. Скрипт, выходной файл, файл Excel.
  У обоих бактерий в протеоме чаще всего встречаются аминокислоты аланин, глицин и лейцин. Самыми редкими являются триптофан, цистеин, гистидин E.coli и метионин у Burkholderia. Различие во встречаемости аминокислотных остатков не превышает 1,5%, но есть исключение - содержание аланина у Burkholderia на 3,5% превышает таковое у E.coli. У E.coli же почти на 1,5% больше содержание изолейцина.