Филогенетические деревья
- Задание 1.
Для выполнения следующих задания я выбрал следующие бактерии
Название Мнемоника Таксономия согласно NCBI Bacillus anthracis BACAN Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group Clostridium botulinum CLOBA Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium Enterococcus faecalis ENTFA Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus Lactobacillus acidophilus LACAC Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus Lactococcus lactis subsp. cremoris LACLM Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus; Lactococcus lactis Moorella thermoacetica MOOTA Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Moorella group; Moorella Staphylococcus epidermidis STAES Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus Streptococcus pneumoniae serotype 4 STRPN Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pneumoniae Таблица 1.
Скобочная формула дерева:
(((((STRPN, LACLM), LACAC), ENTFA), (STAES, BACAN)), (MOOTA, CLOBA));
Рисунок 1. Изображение дерева из программы MEGA.
Нетривиальные ветви дерева:
{STRPN, LACLM} vs {LACAC, ENTFA, STAES, BACAN, MOOTA, CLOBA} первая ветвь - семейство Streptococcaceae
{STRPN, LACLM, LACAC} vs {ENTFA, STAES, BACAN, MOOTA, CLOBA}
{STRPN, LACLM, LACAC, ENTFA} vs {STAES, BACAN, MOOTA, CLOBA} первая ветвь - порядок Lactobacillales
{STRPN, LACLM, LACAC, ENTFA, STAES, BACAN} vs {MOOTA, CLOBA} вторая ветвь - класс Clostridia, первая ветвь - класс Bacilli
{STRPN, LACLM, LACAC, ENTFA, MOOTA, CLOBA} vs {STAES, BACAN} вторая ветвь - порядок Bacillales
Все данные бактерии принадлежат отделу Firmicutes.