Практикум 11. GO и Human Protein Atlas

Gene Ontology

• Часть 1. GO Enrichment Analysis

  1. Мой файл. Всего 29 ID, но 2 одинокавых.
  2. Участвовали все ID (28).
  3. В выдаче оказались 124 GO terms. Видимо, делается поправка на множественное тестирование и берутся только находки с FDR P < 0.05.
  4. Самые значимые GO terms (по возрастанию P): GO:0061622, GO:0000023, GO:0033499, GO:0005989, GO:0005988, GO:0006059, GO:0030388, GO:0006011, GO:0019388, GO:0044245.
  5. Я взял 5 самых значимых GO terms и построил по ним граф процессов - Рисунок 1.
  6. В графе оказалось очень много вершин, что, по-моему, в первую очередь говорит о большом количестве процессов, в которые входят вышеуказанные GO terms. Все стрелки указывают именно принадлежность другому процессу. Несколько обособлен от остальных GO:0033499, так как относится к катаболическим процессам, а другие - к процессам синтеза. Два процеса связаны друг с другом напрямую - GO:0005989, GO:0005988.
  7. Все выбранные GO terms относятся к процессам синтеза или диссимиляции сахаров. Большинство из всех находок также свзяаны с этими процессами.

  

  Рисунок 1. Граф по самым значимым GO terms.

• Часть 2. Human Protein Atlas

  1. Я выбрал B4GALT2.
  2. Этот белок является одной из бэта-галактозилтрансфераз - мембранных белков, учавствующих в синтезе гликоконъюгатов.
  3. Специфичности экспрессии данного белка в мозге не наблюдается - Рисунок 2.
  4. Для клеток показано наличие это белка в аппарате Гольджи и везикулах, где, видимо, он и заякорен в мембране. Рисунок 3.
  5. Показано несколько экстремальных показателей экспресии белка и его РНК в различных тканях. Так, в мозге и мышцах очень высокий уровень экспрессии РНК белка, но сам белок не определен. В печени, эндокринных тканях, почках белка экспрессируется много при средних уровнях РНК. В крови белок не обнаруживается, а РНК экспрессируется очень мало. Рисунок 4.
  6. Экспрессия РНК белка высока в некоторых отделах мозга, поджелудочной железе и скелетных мышцах. Рисунок 5.

  

  Рисунок 2. Специфичность в мозге.

  

  Рисунок 3. Специфичность в клетках.

  

  Рисунок 4. Специфичность в тканях.

  

  Рисунок 5. Экспрессия РНК.