KEGG
- Задание 1.
1. Референсный путь метаболизма D-аланина (Рисунок 1) с выбранной реакцией - димеризацией аланина (Рисунок 2).
2. Реакция (R01150) представляет собой соединение двух молекул аланина в дипептид с затратой 1 молекулы АТФ.C00002 + 2 C00133 <=> C00008 + C00009 + C00993
3. Осуществляет реакцию фермент D-аланин-D-аланин лигаза.
4. Классификация фермента:
- 6 - Лигазы
- 6.3 - Образующие связи азот - углерод
- 6.3.2 - Лигазы, образующие пептидную связь (кислота + аминокислота)
- 6.3.2.4 - D-аланин-D-аланин лигаза
5. Этот метаболический путь у бактерий Escherichia coli K-12 MG1655 и Nostoc punctiforme (одинаковый) на Рисунке 3.
6. Всего у Escherichia coli K-12 MG1655 118 метаболических путей (поиск по префиксу eco). В разделе Genome inforamtion находим, что известно 4240 генов, кодирующих белки, и 179 генов, кодирующих РНК.
Рисунок 1. Метаболизм D-аланина.
Рисунок 2. Осуществляемая реакция.
Рисунок 3. Путь у Escherichia coli и Nostoc punctiforme.