Контакты


Работа с программой:

RasMol




Изображение зоны контакта

(оранжевыми линиями изображены две цепи 5S рРНК;
структуры, изображенные тонкими цветными линиями, - нуклеотиды, участвующие в образовании контакта;
структуры, нарисованные толстыми цветными линиями, - контактирующие аминокислотные остатки белка;
зеленые соединительные прямые - предполагаемые взаимодействия между белком и рРНК)





Последовательность N-цепи РНК

U G C C G A U G G U A G U G U G G G G



Контакты с N-цепью РНК

Цепь белка Остаток, принадлежащий белку Нуклетид цепи РНК Контактирующие атомы Расстояние в Ангстремах Тип связи
P Arg9 G76 NH - O1P 2.8 H-связь
P Gly13 G76 N - O1P 2.8 H-связь
P Lys14 U80 NZ - O4 2.9 H-связь
P Arg18 A78 NH - O1P 3.00 H-связь
P Arg21 U77 NH - O1P 2.9 H-связь
P Arg21 G76 NH* - O2 (рибозы) 3.4 Электростатич.
P Gln78 G76 OE1 - O2 (рибозы) 2.6 H-связь
P Asp90 G75 OD - N2 2.9 H-связь





Последовательность M-цепи РНК

C C C A U G C G A G A G U A G G G A C



Контакты с M-цепью РНК

Цепь белка Остаток, принадлежащий белку Нуклеотид цепи РНК Контактирующие атомы Расстояние в Ангстремах Тип связи
P Lys14 G98 N - O6 3.2 Электростатич.
P Arg18 C92 NH - O1P 3.2 H-связь
P Arg19 A94 NH - O1P 2.7 H-связь
P Arg19 U95 NH - O2P 3.3 Электростатич.
P Tyr31 U103 OH - O2 3.7 H-связь (*)
P Gln75 U103 NE - O2 (рибозы) 3.1 Электростатич.

(*): Информация взята с сайта aant.icmb.utexas.edu/graphs/1dfu.html


Замечание: По данным сайта http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/1dfu/main.html, с РНК взаимодействуют также: Gln12, Ser17, Ile29, Gly32, Pro37, Gln87 и His88.
Характер взаимодействий не указан.





На основе данных таблицы можно сделать вывод о том, что цепи РНК соединяются с полипептидной цепью с помощью водородных связей и электростатитечких взаимодействий, причем преимущественно - с помощью первых. В осуществлении обоих типов взаимодействий центральное место занимают атомы азота (N), принадлежащие, в основном, белковой цепи (радикалам или, реже, основной цепи), и атомы кислорода (O), большей частью принадлежащие цепям РНК (чаще всего ортофосфат-группировкам, реже кольцам рибозы, еще реже - азотистым основаниям).





Назад

Главная страница