Сначала использовалась программа einverted - хорошего результата программа не дала даже при нулевом пороге Expected threshold, выдала всего один участок.
Затем вторичная структура РНК была предсказана по алгоритму Зукера (картинка полученного предсказания ниже).
Исходя из полученных данных, была сделана таблица, сравнивающая результаты анализа с помощью программ find_pair, einverted и RNAFold.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' -1-7- 3' 5'-66-72-3' Всего 7 пар |
предсказано 6 пар из 7 реальных | предсказано 7 пар из 7 реальных |
| D-стебель | 5'-10-14-3' 5'-21-25-3' Всего 5 пары |
предсказано 0 пар из 5 реальных | предсказано 3 пары из 5 реальных |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пар |
предсказано 0 пар из 5 реальных | предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель | 5'-36-44-3' 5'-26-33-3' Всего 8 пар |
предсказано 0 пар из 7 реальных | предсказано 6 пар из 7 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 25 | 6 | 20 |
Также стоит заметить, что программа find_pairs и алгоритм Зукера выдали V-петлю, которая из-за комплементарности образовывает столб из трех пар снований.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 5 | 23 | 28 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 14 | 23 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | 7 | 8 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Из таблцы видно, что неполярных контактов больше, чем полярных во всех категориях. Больше всего контактов атомов углерода и серы с остатками 2'-дезоксирибозы (их 23), очень мало контактов с остатками азотистых оснований со стороны мфлой бороздки, что может быть объяснено труднодоступностью данного места (или я не знаю).
Файл pdb был переведён в старый формат, чтобы на его основе сделать карту ДНК-белковых взаимодействий с помощью утилиты nucplot. Результаты можно видеть на картинках, представленных ниже.
Больше всего контактов образуют серин 26 (3 контакта с ДНК), но также стоит отметить аспарагин 81 и аспарагин 84 (у них по 2 контакта с ДНК).
Я считаю, что важность аминокислотного остатка связана с количеством его взаимодействий с ДНК, поэтому я выбрал серин 26 в качестве важных для опознавания последовательности остатков.