Полосатый гремучник (лат. Crotalus horridus) — ядовитая змея из семейства гадюковых. Обитает данная змея на востоке США, на полуостров Флорида ореал обитания не заходит, а на запад проникает в Техас и Оклахому. Также встречается на юго-востоке Канады. Яд опасен, потому что укус этой змеи вызывает тяжёлое отравление, которое может приводить к смерти. Еще одним интересным фактом является то, что это живородящая змея.
В базе данных Assembly была обнаружена всего одна запись этого организма, датированная 21 апреля 2016 года.
На данный момент доступна только одна сборка, осуществлённая на уровне скэффолдов и представляющая собой репрезентативный геном - сборка
В RefSeq AC сборки отсутствует, в GenBank это GCA_001625485.1.
Общая длина последовательности: 1,520,334,138; Длина последовательности без гэпов: 1,332,336,959.
Сборка содержит 428,076 контига и 186,068 скэффолда.
Параметры контигов: N50=5,835; L50=62,949
Параметры скэффолдов: N50=23,829; L50=16,749
Для скачивания я выбрал произвольный контиг, так как их очень много, а в задании мне нужно просто показать то, что я освоил этот навык: сборка
Для поиска использовался следующий текст: (Inoviridae[Organism]) AND 8000 : 9000[Sequence Length]. Было выдано 76 записей, я выбрал одну из них, имеющую длину 8225bp.
Ниже приведена информация из этой записи:
Файл с CDS был получен следующим образом:Send to > Coding sequences > FASTA nucleotide > Create file. А после пришлось изменить формат файла, так как был скачан файл в формате .txt, но при изменнении формата файл полностью удовлетворял требованиям.
Участок последовательности, который наиболее вероятно является опероном, то есть участок, содержащий несколько генов, которые подчиняются одной и той же системе регуляции. Пример: запись с АС MW414529 и участок 1-2451.
Участок прикрепления праймера для начала репликации, транскрипции и обратной тренскрипции. Пример: запись с АС MZ683493 и участок 19-39.
Участок связывания нуклеиновой кислоты с белком. Пример: запись с АС AF234172 и участок 46-65 (но также и участки 1962-1978, 21015-21031, 32211-32241; в этой записи должно быть 50 таких участков, поэтому все перечислять не буду).
Участок отвечающий за регуляцию транскрипции, трансляции, репликации или рекомпбинации. Пример: запись с АС CP085499 и участок 30085-30192.
Участок, который был определен, как теломер, и экспериментально подтвержден, то есть участок, защищающий конец хромосомы от разрушения или слияния с другими хромосомами. Пример: запись с АС HG994155 и участок 914147-917654.