В данном практикуме нужно было выбрать одну из баз данных и проанализировать в ней один из выданных белков или все их. Мною была выбрана база данных Human Protein Atlas, поэтому из набора выданных мне белков я выбрал всего один, им оказался DDC - декарбоксилаза ароматических аминокислот. При поиске белка в базе данных можно получить большое количество информации: ткани, в которых экспрессируется ген белка, экспрессию и обнаружение в различных участках мозга, те же параметры в отдельных клетках различных тканей, связь белка с различными патологиями, обнаружение протеина в крови, обнаружение в клетке и пути метаболизма, в которых участвует данный белок.
Для начала было решено рассмотреть специфичность белка по тканям. У данного белка наблюдается достаточно неплохая специфичность. Согласно данным об этом протеине, он относится к группе белков, экспрессия мРНК которых наибольшая в кишечнике, почках и сетчатке (так называемыя группа обогащения). Однако как можно видеть из изображений ниже, сопоставить экспрессию белка и мРНК достаточно сложно. Причем достаточно сложно обосновать именно такую картину, так как наблюдается высокая экспрессия белка в тканях, в которых практически отсутствует экспрессия мРНК. Вероятно, это связано с тем, что в данных тканях мРНК долго не "живет", а сразу попадает под трансляцию, а затем разлагается. Хотя такое поведение для эукариотических мРНК не сильно характерно, это единственное обоснование, которое было найдено для такой ситуации.
Согласно информации из базы данных, экспрессия выбранного белка в раковых тканях (имеются в виду ткани, в которых развился рак) совпадает с экспрессией в здоровых тканях. Также уровни экспрессии у умерших и живых пациентов не отличаются. Поэтому данный белок е может выступать, как детектор паталогии.
В самих клетках декарбоксилаза обнаруживается в актиновых филаментах. Также была изучена информация о путях метаболизма, в которых участвует выбранный белок. Таких путей на данный момент обнаружено 5 штук. Три из них являются путями етаболизма ароматических аминокислот: триптофана, гистидина и тирозина. А еще два пути - биосинтеза. Первый из них соответсвует биосинтезу ароматических аминокислот: фенилаланина, тирозина и триптофана. А второй - биосинтез серотонина и мелатонина, оба вещества синтезируются из триптофана, именно с ним и работает исследуемый белок.
Таким образом, мы разобрали то, где обнаруживается наш белок, его роль в паталогиях (вернее, ее отсутствие) и пути метаболизма, в которых он участвует. Получился краткий обзор, который позволяет получить основную информацию о выбранном белке.