В данном упражнении было нужно построить различные формы дуплекса ДНК. Ниже представлены ссылки на получившиеся файлы
На рисунке ниже показано азотистое основание тимин- красным показаны атомы, обращенные в сторону малой бороздки, синим- обращенные в сторону большой бороздки.
В сторону большой бороздки обращены атомы: 35:B.N1; 35:B.C2; 35:B.O2; 35:B.N3
В сторону малой бороздки обращены атомы:35:B.C6; 35:B.C5; 35:B.C7; 35:B.C4; 35:B.O4
После этого были проанализированы все формы ДНК. Итоги измерений можно увидеть в таблице ниже. Измерения шага спирали, ширины малой и большой бороздок проводились на структурах, созданных в первом упражнении.
Данные о различных формах ДНК | |||
---|---|---|---|
A-form | B-form | Z-form | |
Тип спирали | правая | правая | левая |
Шаг спирали (Å) | 28.3 | 33.7 | 37.8 |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 11 |
Ширина большой бороздки (Å) | 18.5(14,31) | 20.5(6,30) | 23.5(10,26) |
Ширина малой бороздки (Å) | 9.85(3,31) | 13.2(6.40) | 14.3(10,37) |
Все данные для этого упражнения были получены с части выдачи программы "find_pairs", представленной на изображении ниже.
Затем были найдены стебли в структуре РНК (нуклеотиды подряд в одной цепочке, соединенные с несколькими нуклеотидами в другой цепочке, идущими подряд).Их координаты:
Также, судя по выдаче программы, в структуре тРНК содержится 9 неУотсон-Криковских пар. Это пары A-C, U-G, A-G, A-A, неканоническая G-C, неканоническая A-U.
Было найдено 9 стабилизирующих водородных связей в тРНК (связи, которые не участвют в образовании стеблей).