Для обзора был дан белок, являющийся фосфатазой. Также стоит отметить, что данный белок был взят из бактерии Bordetella bronchiseptica. Данный организм является патогенным, он заражает главным образом домашних животных, но может инфицировать и человека. Стоит подметить, что эта бактерия является граммотрицательной.[1] Важность секвенирования данного белка может состоять в том, что он участвует в одной из ступеней синтеза ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose, что относится к энергетическому обмену организма.[2] Поэтому поняв структуру и происхождение данного белка, можно воздействовать на саму бактерию в целях защиты домашних животных от заболеваний. Еще большую важность данному изучению придает такой фактор, как то, что данная бактерия обычно устойчива ко многим антибиотикам.[1]
Далее представлен список всего, что было найдено о данном белке.
Также стоит заметить, что структура известна для всего белка. А именно для цепей A, B, C, D.
С помощью продвинутого поиска находим молекулы, которые участвуют в биосинтезе ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose (Pathway) и расположены в цитоплазме (Location), а также учитываем те, которые были рецензированы (Reviewed), чтобы рассматривать молекулы, для которых составлено полное описание, что говорит о достоверности данных. Таким образом мы получаем 22 молекулы (учитывая исходно данный белок), при чем все из них идентичны исходному белку за одним исключением: они принадлежат другим организмам. Также стоит отметить, что если вместо "AND" поставить "NOT" в поле перед локализацие, то результатом будут остальные белки, которые участвуют в биосинтезе, но ни один из них не будет искомым нами, что позволяет сделать вывод о том, что все такие белки расположениы именно в цитоплазме (речь идет о белках, которые уже точно известны).
Ниже предоставлены запросы, которые были упомянуты ранее. Именно основываясь на них, были сделаны выводы:
| Раздел UniRef | Cluster ID | Cluster name | Size | Swiss - Prot | UniParc |
| UniRef50 | UniRef50_Q7WG29 | Cluster: D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase | 709 | 517 | 192 |
| UniRef90 | UniRef90_Q7WG29 | Cluster: D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase | 16 | 13 | 3 |
| UniRef100 | UniRef100_Q7WG29 | Cluster: D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase | 7 | 7 | 0 |
Итогом исследования различных кластеров можно считать следующие утверждения. Белок, данный для исследования, на самом деле является репрезентативной последовательностью для всех разобранных кластеров, то есть именно он используется для аннотации каждого из них. Таким образом, данная последовательность была проверена вручную (так как находится в базе Swiss-Prot), а сам белок представляет сбой аннотированную и выделенную из модельного организма последовательность. Важным замечанием будет то, что данная последовательность не является самой длинной для кластера UniRef50 (максимальная длина 222 в то время, как наша последовательность имеет длину 179), однако для остальных кластеров стоит отметить то, что длины всех белков в них равны. Сам же размер кластера UniRef50 говорит о достаточно широком распространении исследуемого белка.
Для сравнения был взят протеом ближайшего родственника, главное их отличие состоит в том, что исследуемый организм заражает домашний скот, а его родственник - человека. Также стоит отметить, что взятый родственник оказался обладателем Pan proteome, то есть данный организм является модельным. Для третьей группы белков были взяты белки, требующие активации после синтеза (PTM), они были взяты так как нарушив их активацию можно бороться с патогенными организмами.
| Организм | ID протеома | Общее количество белков | Количество белков в Swiss - Prot | Трансмембранные белки | Ферменты | PTM |
| Bordetella bronchiseptica (strain ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50) | UP000001027 | 4961 | 528 | 874 | 962 | 35 |
| Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) | UP000002676 | 3258 | 516 | 596 | 766 | 23 |
Из таблицы видно, что у данной бактерии белков больше, чем у модельного организма. Это означает, что у исследуемого организма имеются белки, колторые нетипичны для всех представителей группы организмов, для которых протеом Bordetella pertussis является модельным протеомом.
Файл с выполненными запросами: файл