Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа.
Для проведения бутстреп-анализа выравнивания полученных мутированных последовательностей из задания 2 (all.fasta), создадим программой fseqboot 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot all.fasta -auto
результат будет положен в файл all.fseqboot
Далее создадим 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний подав файл all.fseqboot на вход программе fdnaml:
fdnaml all.fseqboot -outfile all.fdnaml -outtreefile all.treefile -auto
В файле all.treefile содержатся 100 скобочных моделей. Именно из него,
запустив программу fconsense
получим результаты бутстреп-анализа.
Проанализируем полученные данные.
Исходное реальное дерево
Консенсусное дерево
1. C
2. D
3. B
4. F
5. E
6. A
Sets included in the consensus tree
Set (species in order) How many times out of 100.00
...**. 99.00
..**** 79.00
..*..* 72.00
+------B
+-72.0-|
| +------A
+-79.0-|
| | +------E
+------| +-99.0-|
| | +------F
| |
| +--------------------D
|
+---------------------------C
Топология обоих деревьев одинаковая. На каждом из них присутствуют
одни и теже ветви. Разве что в консенсусном дереве не показаны эволюционные расстояния, поэтому
по этому критерию их трудно сравнить. Интересно заметить, что из 100 деревьев построенных программой
fdnaml разные ветви, входящие в консенсус, встречались с разной частотой.
Например, самой частой , а, следовательно самой достоверной, является ветвь EF-ABCD. Она встретилась в 99 деревьях из 100.
По аналогии, ветвь CD-ABEF - вторая по достоверности, AB-CDEF - третья. Все три ветви встретились более чем 70 раз из 100 => они достоверны.
Интересно, что в полученных 100 деревьях присутствуют и другие ветви, которых нет в реальном, что говорит о том,
что при построении деревьев по выравниваниям возможно получение неверных и неточных результатов, программы имеют неизбежную погрешность.
Изображение филогенетического дерева в графическом формате.
После подачи на вход программе fdrawtree файла, содержащего скобочную формулу исходного реального
дерева было
получено изображение дерева.
Данное дерево - бескорневое, по топологии аналогично исходному дереву.
По нему, точнее по длине ветвей, можно сказать, например, что последовательности E и F эволюционно далеки от
остальных последовательностей. То же самое видно
по исходному дереву.
©Ивин Юрий