на главную
назад

Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа.

Для проведения бутстреп-анализа выравнивания полученных мутированных последовательностей из задания 2 (all.fasta), создадим программой fseqboot 100 бутстреп-реплик выравнивания:

fseqboot all.fasta -auto
результат будет положен в файл all.fseqboot

Далее создадим 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний подав файл all.fseqboot на вход программе fdnaml:

fdnaml all.fseqboot -outfile all.fdnaml -outtreefile all.treefile -auto
В файле all.treefile содержатся 100 скобочных моделей. Именно из него, запустив программу fconsense
получим результаты бутстреп-анализа. Проанализируем полученные данные.
Исходное реальное дерево Консенсусное дерево

 1. C
 2. D
 3. B
 4. F
 5. E
 6. A
Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

...**.                     99.00
..****                     79.00
..*..*                     72.00

                       +------B
                +-72.0-|
                |      +------A
         +-79.0-|
         |      |      +------E
  +------|      +-99.0-|
  |      |             +------F
  |      |
  |      +--------------------D
  |
  +---------------------------C

Топология обоих деревьев одинаковая. На каждом из них присутствуют одни и теже ветви. Разве что в консенсусном дереве не показаны эволюционные расстояния, поэтому по этому критерию их трудно сравнить. Интересно заметить, что из 100 деревьев построенных программой fdnaml разные ветви, входящие в консенсус, встречались с разной частотой. Например, самой частой , а, следовательно самой достоверной, является ветвь EF-ABCD. Она встретилась в 99 деревьях из 100. По аналогии, ветвь CD-ABEF - вторая по достоверности, AB-CDEF - третья. Все три ветви встретились более чем 70 раз из 100 => они достоверны. Интересно, что в полученных 100 деревьях присутствуют и другие ветви, которых нет в реальном, что говорит о том, что при построении деревьев по выравниваниям возможно получение неверных и неточных результатов, программы имеют неизбежную погрешность.




Изображение филогенетического дерева в графическом формате.

После подачи на вход программе fdrawtree файла, содержащего скобочную формулу исходного реального дерева было получено изображение дерева.

Данное дерево - бескорневое, по топологии аналогично исходному дереву. По нему, точнее по длине ветвей, можно сказать, например, что последовательности E и F эволюционно далеки от остальных последовательностей. То же самое видно по исходному дереву.
©Ивин Юрий