Сведения о бактерии Defluviicoccus vanus

3.1 Дины белков, закодированных в геноме бактерии Defluviicoccus vanus

Из рис.1 видно, что наибольшее число белков состоит примерно из 25 - 550 аминокислот. Также средняя длина белка составляет 315 аминокислот, что в среднем оказывается немного больше, чем у других представителей Класса Alphaproteobacteria [3].

Полученный результат сходится со средней длинной белков у прокариот [4].

3.2 Расположение кодирующих последовательностей на плюс-цепи самой большой хромосомы

Из рис.2 можно заметить, что большая часть кодирующих последовательностей располагается рядом друг с другом. Также не маленькое количество последовательностей начинаются внутри предыдущих, что на гистограмме представлено самым левым столбцом, с отрицательными значениями расстояния. Из этого можно сделать предположение, что: либо одна из пересекающихся последовательностей является псевдогеном; либо механизм расположения кодирующих последовательностей устроен так, чтобы синтезировать максимальное количество белков с минимального по длине участка.

В рассмотрение брались все последовательности, кодирующие белки (не только сонаправленные).

3.3 Частота встречаемости разных старт-кодонов

Под остальными кодонами имеется ввиду: AAG, AAT, AAN, AGG, AGC, ACA, ACG, GAG, GAC, GGT, GTA, CAA, CAG, CAT, CCA, CCG, TAC, TGC, TCA. Каждый из них встретился в All CDS и Pseudo CDS ровно один раз.

Из табл. 1 видно, что большее количество генов имеет старт-кодон ATG, который является наиболее распространённым [5]. Но также встречаются и другие старт-кодоны [5], в том числе те, у которых не определены некоторые нуклеотиды. Также можно заметить, что многие нестандартные старт кодоны являются старт-кодонами псевдогенов.

Стоит отметить немалое количество встреченных старт-кодонов GTG и TTG.

3.4 GC-содержание в во всем геноме

GC-содержание генома составило 63,542%. Это является довольно большим показателем, так как у Alphaproteobacteria GC-содержание варьируется в среднем от 30% до более 60% [6].

Повышенное содержание GC с большей вероятностью не вызвано ошибкой секвенирования, трансляционным отбором, смещенной генной конверсией или горизонтальным переносом генов. А также говорит о потенциальном качественном естественном отборе в сторону увеличения GC-содержания в геноме, так как при увеличении содержания GC увеличивается количество мутаций GC→AT [6].

3.5 Выделение последовательности аминокислот из кодирующих последовательностей участков ДНК

Выявлено, что расхождения наблюдались только в старт кодонах. Последовательности аминокислот (в имеющемся источнике данных) начинаются с метионина (Met) независимо от того, с какого триплета начинается кодирующая последовательность. Это может быть связано с окружающими старт-кодон последовательностями [8], [9].

Кроме того частота встречаемости старт-кодонов GTG (15,822%) оказалась выше, чем в среднем, а TTG (6,929%) ниже [7], что подкрепляется GC-содержанием, определенном в прошлом пункте.

Данная программа выдаёт встречаемость старт кодонов с небольшой погрешностью (данные расходятся с результатами, полученными в 3.3), так как она показывает сколько раз метионин кодировался не триплетом ATG, а другим триплетом. Например триплет GTG в данном случае встретился только 596 раз, а не 597, так как в одном из случаев он кодировал именно свою аминокислоту (Val).

3.6 Количество белков начинающихся с метионина и с другой аминокислоты

Было выявлено, что все белковые последовательности начинающиеся не с метионина, которых оказалось 78 штук, оказались псевдогенами. Это может говорить о том, что организму невыгодно синтезировать белки с аминокислот отличных от метионина.

Все эти псевдогены начинались с триплетов отличных от ATG, то есть их старт кодоны кодировали именно тот белок, который и должны, а не подавлялись и не кодировали метионин [8], [9]. Эти данные объясняют небольшие расхождения в предыдущем пункте.

Таблица 1. Частота встречаемости разных старт кодонов

Codons	All CDS {5.1}	Pseudo CDS {5.2}	Normal CDS
ATG	2747	177	2570
GTG	597	23	574
TTG	257	9	248
CTG	40	5	35
ATC	35	3	32
ATT	17	3	14
CGG	8	8	0
GGC	7	7	0
ATA	4	1	3
GCC	4	4	0
CGC	4	4	0
TTC	4	4	0
AAC	2	2	0
ACC	2	2	0
GGG	2	2	0
GCT	2	2	0
GTC	2	2	0
CCC	2	2	0
CTA	2	2	0
CTC	2	2	0
CTT	2	2	0
TAT	2	2	0
TCC	2	2	0
NTG	2	0	2
Остальные	19	19	0