Для выполнения данного практикума было выбранно семейство доменов белков участвующих в биосинтезе пирролнитрина, антибиотика против грибков. Информация о домене:
Проект в JalView, с соответствующими окнами для задания.
| я устал.. | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей: 23; количество колонок: 539 | |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Позиции: 2 - 18 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 2:[VLIF]; 4:[IV]; 5:[VAIL]; 6:G; 8:G; 15:A; 18:[LCFV] | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. |
Колонки: 231 - 273; последовательности: 1 - 12 | Есть и другие блоки с этими последовательностями, а именоо колонки: 2 - 22; 30 - 84 (с инделями на позициях 46 и 55. Он хороший, но изначально не был замечен); 175 - 224 (с инделем в позиции 198); 287 - 317 (с инделями на позициях 291 - 293 и 314); 373 - 401; 410 - 418; 433 - 462; 471 - 481; 503 - 527 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 231:G; 234:[VIL]; 237:[DE]; 238:[LF]; 239:F; 240:[IV]; 241:D; 242:C; 243:[TS]; 244:G; 245:F; 246:R; 247:G; 248:L; 249:[LI]; 250:I; 251:E; 254:L; 257:G; 261:[WF]; 264:[WL]; 265:L; 270:A; 272:A; 273:[VAM] | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | Колонки: 82 - 174 | Если составить группы по колонкам 132 - 136, то почти все последовательности окажутся в разных группах, кроме 3, которые попали в одну, так как у них на этих позициях содержатся гэпы |