Описание белка Putative chorismate mutase с использованием PyMol (pdb_id: 3LUY)

Структура в целом

Объектом моего изучения в данном практикуме стала структура белка putative chorismate mutase, который был выделен из Bifidobacterium adolescentis штамма ATCC 15703, однако для исследования он был искусственно получен из Escherichia coli штамма BL21. Этот белок является интегразой. Структуру этого белка можно увидеть справа.

В структуре данного белка можно выделить одну полимерную цепь (A-цепь). В биологическую единицу входит две таких A-цепи, причём вторая цепь формируется из первой с помощью симметричных преобразований. Белок выступает в качестве гомодимера.

Посмтрев на белок, можно сделать вывод, что вторичная структура представленна α-спиралями и β-слоями примерно в равном количестве.

Отдельные цепи

Как упоминалось выше, в состав данного белка входит только одна цепь (A-цепь). Данная макромолекула относится к организму Bifidobacterium adolescentis. Она называется Prephenate dehydratase (UniProt id: A1A2B5) и имеет функцию катализа реакции превращения перфената в 3-фенилпируват при участии протонов (реакция представлена ниже).

Мутации относительно референской последовательности из Uniprot в структуре отсутствуют, однако в начале цепи присутсвует артефакт в ввиде четырёх лишних аминокислотных остатков, а именно: серин, аспарагин, аланин, селенометионин. Вероятнее всего наличие данных аминокислотных остатков вызванно методом, с помощью которого была выделена данная цепь.

В структуре цепи имеется модифицированный аминокислотный остаток - селенометионин, таких модифицированных остатков в одной А-цепи шесть (соответствующие строки из PDB файла).

Справа представленна интерактивная структурная формула данной A-цепи.

Рисунок 3. Интерактивная структурная формула A-цепи. PDB ID: 3LUY. Ссылка на цифровой идентификатор объекта: DOI. Структура сделанна с помощью: Mol*. Взято из: RCSB.org.

Малые молекулы

В структуре белка присутствуют следующие типы малых молекул: MSE (селенометеонин; selenomrtionine), PPY (3-фенилпировиноградная кислота; 3-phenylpyruvic acid). Ссылки на файлы с подтверждающими стрками взятыми из PDB: селенометеонин, 3-фенилпировиноградная кислота.