Взаимодействия между аминокислотными остатками в белке Putative chorismate mutase (pdb_id: 3LUY)
Водородные связи
Водородные связи, затрагивающие атомы остова белка обычно играют роль в формировании вторичных структуры белка, таких как α-спирали и β-слои. Другие водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот обычно играют роль в формировании третичной структуры белка, укрепляя его форму.
Солевые мостики
Солевые мостики играют роль в поддержании третичной структуры белка. Они образуются между двумя разнозаряженными остатками аминокислот.
Стекинг
Стекинг играет роль в поддержании третичной структуры белка. Он образуется между ароматическими кольцами, расположенными определённым образом.
Дисульфидные мостики
Дисульфидные мостики - это связи между двумя атомами серы разных остатков серосодержащих аминокислот. Это ковалентное взаимодействие, оно намного прочнее водородных связей, солевых мостиков и стекинга. Они придают структуре белка жёсткость и разорвать эти связи непросто.
В структуре моего белка не было найденно дисульфидных мостиков. Минимально расстояние между двумя атомами серы составило 3,6 Å, в то время как дисульфидный мостик в среднем имеет длину 2,05 Å, а граница образования связи это 3,0 Å.
