| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcriptional regulatory protein PhoP | PHOP_ECOLI | PHOP_BACSU | 280.0 | 29.0% | 51.9% | 19 | 5 |
| UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase | MURE_ECOLI | MURE_BACSU | 809.0 | 36.9% | 53.5% | 51 | 12 |
| Full=3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ | FABZ_ECOLI | FABZ_BACSU | 345.0 | 45.4% | 61.2% | 12 | 4 |
Название белка PHOP у данных организмов немного отличается. У кишечной палочки он называется Transcriptional regulatory protein PhoP, а у сенной палочки Alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcriptional regulatory protein PhoP | PHOP_ECOLI | PHOP_BACSU | 286.0 | 30.2% | 53.9% | 13 | 3 | 98.6% | 96.2% |
| UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase | MURE_ECOLI | MURE_BACSU | 817.0 | 38.3% | 55.5% | 37 | 9 | 96.9% | 95.3% |
| Full=3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ | FABZ_ECOLI | FABZ_BACSU | 348.0 | 49.3% | 66.4% | 4 | 2 | 92.0% | 97.2% |
Результаты глобального и локального выравниваний отличаются незначительно. Отличия в выравниях встречается только на концах последовательностей, что может обуславливаться видовыми особенностями организмов (небольшие рассхождения на N- и C-концах).
Если судить о гомологичности последовательностей по всей длине, то можно заключить, что данные белки являются гомологичными. Такой вывод можно сделать основываясь на идентичности и сходстве последовательностей.
Наименьший процент идентичности показывает белок с названием Transcriptional regulatory protein PhoP, что может говорить о давности дивергенции последовательностей у этих организмов. Однако тем не менее процент сходства довольно велик.
Во всех трёх случаях локальное выравнивание не несёт больше полезной информации, чем глобальное, разве что немного сокращает длину. Такой вывод можно сделать исходя из небольшого расхождения значений идентичности и сходства, а также по высокому проценту покрытия всей последовательности.
| Выравнивания | Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное | Undecaprenyl-diphosphatase | Uracil phosphoribosyltransferase | UPPP_ECOLI | UPP_BACSU | 39.5 | 11.6% | 18.4% | 226 | 11 | - | - |
| Локальное | Undecaprenyl-diphosphatase | Uracil phosphoribosyltransferase | UPPP_ECOLI | UPP_BACSU | 60.5 | 32.7% | 57.1% | 5 | 2 | 17.9% | 21.0% |
Как можно заметить, белки с разной мнемоникой имеют малый процент идентичности и схожести по всей длине, что говорит о том, что данные белки скорее всего не гомологинчы. Однако локальное выравнивание дало неплохой процент идентичности и сходства. Необходимо подробнее посмотреть на данное выравнивание.
Длина локального выравнивания составляет всего 49 аминоксилот, а вес выравнивания 60.5. Также в этом выравнивании 2 инделя (что примечательно, так как длина выравнивания маленькая), которые отделяют 2 аминокислоты от части последовательности в белке UPP_BACSU, создавая небольшой островок. Кроме того выравнивненая последовательность белка UPPP_ECOLI начинается с 8 по порядку аминокислоты, в то время как у UPP_BACSU оно начинается с 77. Все эти факторы говорят о малой вероятности гомологичности этих участков.
Для множественного выравнивания была выбрана мнемоника MURE. Полное имя белка для ECOLI - UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase. Всего белков с данной мнемоникой в Swiss-Prot оказалось 207 (получено с помощью конвейера bash).
Были выбраны следующие белки:
С помощью Jalview были найдены последовательности и сделано множественное выравнивание
Белки не слишком похожи по всей длине, но тем не менее есть консервативные участки. Меньше всего на все остальные похож белок MURE_STRS2 (в консервативных участках у него чаще всего встречаются несовпадения). В выравнивании можно выделить наиболее консервативные участки (столбцы): 44-46; 130-136; 199-229; 382-391; 407-450; 485-503. А также наименее консервативные участки: 1-40; 82-95; 159-172; 252-300; 451-472; 505-534.
Я склоняюсь к мнению, что данные белки гомологичны. Одним из дополнительных аргументов является анализ значимых участков. Проанализировав информацию об одном из белков (MURE_ECOLI) я выделил участки, которые учасвуют в связвыании и выполняют функцию. Если найти эти участки в выравнивании, то окажется, что они консервативны.
Наименьшая уверенность в гомологичности белка MURE_STRS2, в связи с его особенностями в консервативных участках. Скорее всего, он является гомологичным, просто разашёлся (в эволюционном плане) с остальными белками довольно давно.