Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1. Получение А-, B-, Z-форм ДНК

С помощью следующих команд были получены файлы со структурами А-формы, B-формы, Z-формы ДНК соответсвенно:

# A-форма
fiber -a -seq=GATC -rep=5 ~/term3/block1/pr2/gatc-a.pdb
# B-форма
fiber -b -seq=GATC -rep=5 ~/term3/block1/pr2/gatc-b.pdb
# Z-форма
fiber -z -seq=GC -rep=10 ~/term3/block1/pr2/gatc-z.pdb

Задание 2. Сравнение B-формы, построенной ДНК и экспериментальной структуры

Предложенная экспериментальная структура для B-формы: 1bna. Основание, которое необходимо изобразить - гуанин (у меня [DG]4:A)(рис. 1).

В сторону большой бороздки обращены атомы C4.C2, C4.N2, C4.N3, C4.C4.

В сторону малой бороздки обращены атомы C4.N1, C4.C6, C4.O6, C4.C5, C4.N7, C4.C8.

Таблица 1. Данные о ДНК
	A-форма (3v9d)	B-форма (1bna)	Z-форма (сгенерированная)
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	27.9	33.8	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	15.7 ([DT]7:A.P-[DС]10:B.P)	16.7 ([DA]5:A.P-[DG]16:B.P)	18.6 ([DG]15:A.P-[DC]24:B.P)
Ширина малой бороздки	12.0 ([DT]7:A.P-[DC]3:B.P)	9.8 ([DC]9:A.P-[DT]20:B.P)	7.2 ([DG]15:A.P-[DG]29:B.P)

Гуанин — **Рисунок 1.** Изображение гуанина. Красным обозначены атомы, которые смотрят в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой

Задание 3.

Упражнение 2. Анализ тРНК 1N78

С помощью этой команды получены результаты:

# Перевод файла pdb в старый формат
remediator --old 1N78.pdb > 1N78_old.pdb
# Информация о 1N78
find_pair -t 1N78_old.pdb stdout | analyze

Стебли тРНК:

(501-507) - (572-566)
(549-553) - (565-561)
(539-543) - (531-527)
(510-513) - (525-522)

          Strand I                    Strand II          Helix
 1   (0.004) ....>C:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:C<.... (0.005)     |
 2   (0.007) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008)     |
 3   (0.003) ....>C:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:C<.... (0.003)     |
 4   (0.003) ....>C:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:C<.... (0.007)     |
 5   (0.005) ....>C:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:C<.... (0.009)     |
 6   (0.005) ....>C:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:C<.... (0.003)     |
 7   (0.004) ....>C:.507_:[..A]A-----U[..U]:.566_:C<.... (0.006)     |
 8   (0.004) ....>C:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:C<.... (0.002)     |
 9   (0.001) ....>C:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:C<.... (0.003)     |
10   (0.007) ....>C:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:C<.... (0.002)     |
11   (0.003) ....>C:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:C<.... (0.003)     |
12   (0.005) ....>C:.553_:[..G]G-----C[..C]:.561_:C<.... (0.004)     |
13   (0.003) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.008)     |
14   (0.003) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.003)     x
15   (0.003) ....>C:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:C<.... (0.005)     |
16   (0.005) ....>C:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:C<.... (0.004)     |
17   (0.003) ....>C:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:C<.... (0.004)     |
18   (0.005) ....>C:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:C<.... (0.005)     |
19   (0.004) ....>C:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:C<.... (0.005)     |
20   (0.006) ....>C:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:C<.... (0.003)     |
21   (0.005) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.004)     |
22   (0.006) ....>C:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:C<.... (0.004)     |
23   (0.004) ....>C:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:C<.... (0.003)     |
24   (0.002) ....>C:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:C<.... (0.011)     |
25   (0.004) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.007)     |
26   (0.004) ....>C:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:C<.... (0.003)     |
27   (0.007) ....>C:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:C<.... (0.005)     |
28   (0.018) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.012)     x
29   (0.004) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.002)     +

Неканонические пары оснований (17 штук):

2 G-*---U
13 U-**--A
14 U-**+-G
15 A-**--C
21 A-**--G
26 U-**--A
27 A-**--A
28 G-**+-C
31 G-*---U
42 U-**--A
43 U-**+-G
44 A-**--C
50 A-**--G
54 U-*---G
55 U-**--A
56 A-**--A
57 G-**+-C

Дополнительные водородные связи:

          Strand I                    Strand II          Helix
 2   (0.007) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008)     |
13   (0.003) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.008)     |
14   (0.003) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.003)     x
15   (0.003) ....>C:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:C<.... (0.005)     |
21   (0.005) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.004)     |
25   (0.004) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.007)     |
26   (0.004) ....>C:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:C<.... (0.003)     |
27   (0.007) ....>C:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:C<.... (0.005)     |
28   (0.018) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.012)     x       
29   (0.004) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.002)     +