Нуклеотидные банки данных

Для данного задания я выбрал геномную сборку организма Garra rufa (рис. 1). Для поиска я использовал фильтр, чтобы сборка была 2025 года и уровня выше Chromosome. Было найдено много результатов. Просмотрев некотрые из них, я выбрал именно эту рыбку, так как про неё было указано, что у неё больше 50 % генов кодируют малые РНК (таких генов больше чем тех, которые кодируют белки. Для меня это показалось необычным). Ниже, в таблице 1, приведена информация о некоторых характеристиках этой сборки.

Уровень сборки Chromosome озночает, что существует последовательность одной или нескольких хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без пробелов, или хромосома, содержащая скэффолды или контиги с пробелами между ними. Также могут быть неразмещённые или нелокализованные скэффолды.

Указано, что хромосом 25. На самом деле у этой рыбы 50 хромосом (2n набор), то есть 25 пар хромосом, что говорит о хорошем качестве сборки.

Сборка генома была указана там же, где производился поиск эукариота (в колонке Assembly).

L50 - число контигов (скэффолдов) (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.

N50 - длина контига (скэффолда), для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах (скэффолдах) такой и большей длины.

Также были скачаны файлы с геномом этого организма, а также всеми его белками (на локальный компьютер).

Знакомство с поисковыми запросами в NCBI

Мною был выбран белок пепсин. Далее приведены запросы и описание того, что они находят.

• pepsin[Title] AND (biomol_genomic[PROP] OR biomol_mrna[PROP]) - с помощью этого запроса были найдены записи (2 402) посвещённые генам и mRNA выбранного белка (пепсин). Название моего белка встречается в названии записи.
• pepsin[Title] AND ((biomol_genomic[PROP] OR biomol_mrna[PROP]) AND ddbj_embl_genbank[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей найденных из GenBank (в моём случае 232).
• pepsin[Title] AND ((biomol_genomic[PROP] OR biomol_mrna[PROP]) AND refseq[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей найденных из RefSeq (в моём случае 2 170).
• pepsin[Title] AND ("Homo sapiens"[Organism] AND biomol_genomic[PROP] AND ddbj_embl_genbank[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей о человеческом белке найдено в GenBank и содержат информацию об участке генома (в моём случае 0).
• pepsin[Title] AND ("Homo sapiens"[Organism] AND biomol_mrna[PROP] AND ddbj_embl_genbank[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей о человеческом белке найдено в GenBank и содержат информацию о mRNA (в моём случае 8).
• pepsin[Title] AND ("Homo sapiens"[Organism] AND biomol_genomic[PROP] AND refseq[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей о человеческом белке найдено в RefSeq и содержат информацию об участке генома (в моём случае 0).
• pepsin[Title] AND ("Homo sapiens"[Organism] AND biomol_mrna[PROP] AND refseq[filter]) - с помощью этого запроса можно узнать, сколько записей о человеческом белке найдено в RefSeq и содержат информацию о mRNA (в моём случае 2).

Не все записи содержат последовательность именно пепсина. Есть его предшественики.

Знакомство с поисковыми запросами в ENA

Необходимо было составить два запроса:

• tax_eq(9606) AND description="pepsin" AND mol_type="genomic dna" - с помощью этого запроса можно узнать, какие запси посвящены гену пепсина человека (в моём случае 0).
• tax_eq(9606) AND description="pepsin" AND mol_type="mrna" - с помощью этого запроса можно узнать, какие запси посвящены mRNA пепсина человека (в моём случае 8).

Эта система поиска мне понравилась меньше. Для меня она менее понятная и не слишком интуитивная.

Знакомство с поисковыми запросами в DDBJ

Необходимо было составить два запроса:

• (MolecularType:(DNA)) AND (Definition:(pepsin)) AND (Organism:(Homo sapines)) - с помощью этого запроса можно узнать, какие запси посвящены гену пепсина человека (в моём случае 0).
• (MolecularType:(mRNA)) AND (Definition:(pepsin)) AND (Organism:(Homo sapines)) - с помощью этого запроса можно узнать, какие запси посвящены mRNA пепсина человека (в моём случае 8).

Эта система поиска мне понравилась немного больше, чем в ENA, но всё ещё меньше, чем NCBI.