Работа с NCBI

Описание сборки генома Ornithorhynchus anatinus

Утконосы (Ornithorhynchus anatinus) - водоплавающие млекопитающие, принадлежащие отряду однопроходных, который проживают на территории Австралии. На данный момент Ornithorhynchus anatinus - это единственный представитель своего семейства. Данное животное является символом Австралии и изображено на австралийской монете в 20 центов.

• Сборки генома: 4
• Выбрання сборка: mOrnAna1.pri.v4
• AC RefSeq: GCF_004115215.2
• Тип сборки: хромосомный
• Длина последовательности: 1.859.281.927
• Скэффолды: 322
• Скэффолды N50: 83.338.043
• Скэффолды L50: 7
• Контиги: 834
• Контиги N50: 15.146.802
• Контиги L50: 36
• Биопроект: PRJNA489114
• Статьи в PubMed: 5 статей в PubMed
• Последовательность контига: RZJT02000048.1

Представитель Ornithorhynchus anatinus из мультсериала "Финес и Ферб" - Перри-утконос. По сюжету является домашним утконос и любимцем семьи (хотя Кэндис его недолюбливает), однако Перри также является тайным агентом в организации "ОБКА" (Организация Без крутой Аббревиатуры) под кодовым именем агент Пи. Работая агентом Перри противодействует злодею - Доктору Фуфелшмерцу -, который постоянно пытается завоевать мир. Чтобы защитить свою семью от потенциальных угроз, Перри притворяется обыкновенным домашним животным.

CDS вируса из семейства Myoviridae

Запрос: Myoviridae[orgn] and 30000:40000[slen]

Нашлось 2453 записи

• AC: NC_009236
• Латинское название: Burkholderia phage phiE12-2
• Таксономия: Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Myoviridae; Peduovirinae; Tigrvirus.
• TaxID: 2881401
• DNA/RNA: DNA
• ds/ss: ds
• Линейный/кольцевой: Линейный
• Хозяин вируса: Burkholderia pseudomallei
• CDS: CDS

Получение CDS: send to -> coding sequences -> download features -> FASTA nucleotide

Описание Feature Keys

• Feature Key: J_segment
• Описание: участок соединения лёгких и тяжёлых цепей антител, и α-, β-, γ-цепей TCR
• AC: L37864

  J_segment       37..42
                  /note="J segment J6

---

• Feature Key: mobile_element
• Описание: участок генома, содержащий мобильные элементы
• AC: MN915013

  mobile_element  complement(12532..13351)
                  /mobile_element_type="insertion sequence:IS26"

---

• Feature Key: stem_loop
• Описание: шпилька
• AC: OK567866

  stem_loop       13458..13512
                  /gene="ORF1ab"
                  /note="Coronavirus frameshifting stimulation element
                  stem-loop 2"

---

• Feature Key: polyA_site
• Описание: сайт на транскрипте РНК, к которому на посттрансляционной модификации будут присоеденины аденины путём полиаденилирования
• AC: NM_001306074

  polyA_site      1636
                  /gene="SLBP"
                  /gene_synonym="HBP"
                  /note="major polyA site"

---

• Feature Key: protein_bind
• Описание: сайт нековалентного связывания нуклеиновой кислоты белком
• AC: DQ645304

  protein_bind    88..105
                  /note="putative ARG box"
                  /bound_moiety="arginine biosynthesis repressor"