Задания по BLAST

Определение функции и таксономии нуклеотидной последовательности.

В практикуме 6 была получена последовательность, функцию которой нужно понять. Для того чтобы понять какую функцию несет данная послежовательность, использовалась программа blastn, потому что о последовательности нам неизвестно ничего, а значит нужно искать хоть-сколько-нибудь похожие последовательности. По выдаче можно сделать вывод, что последовательность, вероятно, принадлежит Ophiopholis aculeata и является частью гена, который кодирует первую субъединицу цитохромоксидазы (COI). Вывод сделан на основе E-value равного машинному нулю и высоких процентов покрытия (>86%) и идентичности (> 98%) для лучших 50 находок, а также 48 находок из первых 50 принадлежат Ophiopholis aculeata.

Поиск производился по базе Nucleotide collection (nr/nt) программой blastn. Остальные параметры по умлочанию.

Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности

Для анализа был взят контиг MTYJ01000527.1 из Hypsibius dujardini. Так как нужно найти гомологичные белки участку ДНК, ее необходимо протранслировать и протранскрибировать, поэтому для задачия использовался blastx. Чтобы искать гомологи по существующим белкам, поиск производился по базе Swiss-Prot. Также в параметрах blastx было указано не искать последовательности из рода >Hypsibius.

В выдаче присутвуют 5 гомологичных последовательностей, каждая из которых является белком DNA-directed primase/polymerase protein, а значит, что исслудуемый участок может кодировать именно этот белок.

Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий

Для построения карты локального сходства были выбраны бактерии Rickettsia prowazekii CP014865.1 и Rickettsia rickettsii CP018914.1. Построение карты производилось с помощью blast2seq.

Хромосомы между собой похожи, однако примерно в центре наблюдаются различия. Можно предположить, что в ходе эволюции одного из видов бактерий на данном участке произошла инверсия, а затем инверсия внутри этой инверсии. Также, можно обнаружить, что у Rickettsia prowazekii произошло удвноение участка ДНК.