После анализа таксономии Amoeboaphelidium protococcarum было принято решение использовать белки из Saccharomyces cerevisiae из-за того, что данный организм очень хорошо аннотирован. Поиск гомологов проводился для актина (P60010), бета-цепи тубулина (P02557) и миозина-3 (P36006).
seqret sw:"ACT_YEAST" prots/P60010.fastaseqret sw:"TBB_YEAST" prots/P02557.fastaseqret sw:"MYO3_YEAST" prots/P36006.fastaДалее была создана локальная база данных на основе неаннотированного генома Amoeboaphelidium protococcarum командой:
makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nuclБаза была успешно создана:
Building a new DB, current time: 11/10/2021 16:55:36
New DB name: /home/students/y20/jakewayd/public_html/terms/term3/emboss/genome.fasta
New DB title: genome.fasta
Sequence type: Nucleotide
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 1868 sequences in 0.229984 seconds.Далее последовательности были пропущены через базу командой:
tblastn -query prots/P60010.fasta -db genome.fasta -out P60010.txt
tblastn -query prots/P02557.fasta -db genome.fasta -out P02557.txt
tblastn -query prots/P36006.fasta -db genome.fasta -out P36006.txtВыдачи программы доступны по ссылкам:
Низкие значение e-value (0.0) присутвуют у всех белков, однако выравнивания с актином и тубулином также имеют и высокие значения identity (>75%), чего нельзя сказать о миозине: значение identity = 42%, что достаточно мало. Поэтому можно заключить, что актин и тубулин имеют гомологичные последовательности в геноме Amoeboaphelidium protococcarum, в то время как миозин-3 - скорее нет.
Файл с командами лежит по пути ~/term3/pr9/emboss.txt
Скрипт лежит по пути `~/term3/pr9/edirect.sh
Letcher, P. M.; Powell, M. J.; Lopez, S.; Lee, P. A.; McBride, R. C. (2015).
A new isolate of Amoeboaphelidium protococcarum, and Amoeboaphelidium occidentale, a new species in phylum Aphelida (Opisthosporidia). Mycologia, 107(3), 522–531. doi:10.3852/14-064