Филогенетическое дерево

На рандом были выбраны 8 бактерий:

import random

sorted([i+1 for i in random.sample(range(15), 8)])

[3, 4, 5, 7, 11, 12, 14, 15]

Название	Мнемоника
Bifidobacterium longum	BIFLO
Clavibacter michiganensis	CLAMS
Corynebacterium diphtheriae	CORDI
Leifsonia xyli	LEIXX
Nocardioides sp.	NOCSJ
Rhodococcus jostii	RHOJR
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Далее, погуглив, был обнаружен раздел biopython, с помощью которого можно работать с филогенетическими деревьями - Bio.Phylo. В документации к пакету был найден код, который визуализирует скобочную модель дерева.

Скобочная модель имеет вид: ((((STRAW, THEFY), NOCSJ), ((LEIXX, CLAMS), BIFLO)), (RHOJR, CORDI));

from Bio import Phylo
from io import StringIO

tree = Phylo.read(StringIO('((((STRAW, THEFY), NOCSJ), ((LEIXX, CLAMS), BIFLO)), (RHOJR, CORDI))'), 'newick')

Phylo.draw_ascii(tree)

                                                       _________________ STRAW
                                     _________________|
                   _________________|                 |_________________ THEFY
                  |                 |
                  |                 |_________________ NOCSJ
  ________________|
 |                |                                    _________________ LEIXX
 |                |                  _________________|
 |                |_________________|                 |_________________ CLAMS
_|                                  |
 |                                  |_________________ BIFLO
 |
 |                 _________________ RHOJR
 |________________|
                  |_________________ CORDI

Нетривиальные ветви:

• {STRAW, THEFY} vs {NOCSJ, LEIXX, CLAMS, BIFLO, RHOJR, CORDI}
• {STRAW, THEFY, NOCSJ} vs {LEIXX, CLAMS, BIFLO, RHOJR, CORDI}
• {LEIXX, CLAMS} vs {BIFLO, NOCSJ, STRAW, THEFY, RHOJR, CORDI}
• {LEIXX, CLAMS, BIFLO} vs {NOCSJ, STRAW, THEFY, RHOJR, CORDI}
• {RHOJR, CORDI} vs {BIFLO, LEIXX, CLAMS, NOCSJ, STRAW, THEFY}