Семейства доменов


Доменная организация белка RPIA_Ecoli

  • Рис.1. Схематическое изображение доменной структуры RPIA_Ecoli (рис. взят из PFam)
  • Рис.2. Домены, отмеченные на пространственной структуре RPIA_Ecoli (рис. взят из PFam, структура - 1O8B)
  • Таблица 1. Домен в последовательности RPIA_Ecoli
    Идентификатор PfamНазвание записиПолное название доменаПоложение в последовательности RPIA_Ecoli
    PF06026Rib_5-P_isom_Aрибозо 5-фосфат изомераза A47-215

Описание N-концевого домена белка RPIA_Ecoli

  • Краткая характеристика домена PF06026:
    Домен семейства рибозо 5-фосфат изомераз A (EC.3.1.6). Представлен в бактериях, эукариотах и археях. Ферменты катализируют обратимую реакцию изомеризации: D-рибозо-5-фосфата в D-рибулозо-5-фосфат.
  • Таблица 2. Организмы, в которых найдены белки с доменами PF06026
    ТаксонКоличество белков с доменом PF06026
    ЭукариотыРастения6
    Грибы34
    Животные23
    Бактерии366
    Археи40
  • Всего известно белков с доменами PF06026 - 502 в 406 видах.
    Известно 5 типов архитектур с данным доменом. Большинство белков состоят только из одного домена (417). Много белков принадлежат к трем организациям, где основную часть занимает домен PF06026, а на N-конце есть очень небольшой кусочек другого (всего три разновидности) домена. И последний, 5 тип, всего у одного белка, содержит дополнительный домен SKI.
    Случаев дупликации не обнаружено

Мотивы в аминокислотной последовательности RPIA_Ecoli по данным БД InterPro

  • Рис.3. Все подписей в белке RPIA_Ecoli
  • Таблица 3. Мотивы в белке RPIA_Ecoli по данным БД InterPro
    Название подписи
    Положение в последовательности RPIA_Ecoli
    Полное название базы данных
    PD005813 9-126 ProDom
    PF06026 47-215 Pfam
    PTHR11934 1-219 PANTHER Classification System
    TIGR00021 6-215 Comprehensive Microbial Resource
    G3DSA:3.40.50.1360 1-147 CATH Protein Structure Classification
    SSF100950 2-147 SUPERFAMILY
    SSF75445 127-198


©Евгения Тихонова