Пространственная структура GDEASE_BASCU (PBD ID 1WKQ)
1. Описание pdb-документа:Заголовок структуры: HYDROLASE
Название структуры: GUANINE DEAMINASE
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
| Идентификатор цепи | Число остатков | Название молекулы |
| A | 164 | GUANINE DEAMINASE |
| B | 164 | GUANINE DEAMINASE |
Комментарии: MISSING RESIDUES. The following residues were not located in the experinent.
(RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
| RES | C | SSSEQI |
| MET | A | -8 |
| HIS | A | -7 |
| HIS | A | -6 |
| HIS | A | -5 |
| HIS | A | -4 |
| HIS | A | -3 |
| MET | B | -8 |
| MET | B | -7 |
| MET | B | -6 |
| MET | B | -5 |
| MET | B | -4 |
| MET | B | -3 |
| MET | B | -2 |
| ALA | B | -1 |
| MET | B | 1 |
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
| ID | Название | Формула | Число молекул |
| ZN | ZINC | ZN2+ | 2 |
| IMD | IMIDAZOLE | (C3 H5 N2)1+ | 2 |
| HOH | WATER | H2O | 450 |
 |
 |
 |
2. Изображения, полученные скриптом:
| Цепи белка представлены в остовной модели (A - синяя, B - оранжевая), лиганды (ионы цинка, имидазол) – в шарнирной модели с раскраской по атомам, молекулы воды - в шариковой модели, красные. |
 |
| Цепь А белка представлена в остовной модели (синяя), лиганды (ион цинка, имидазол) – в шарнирной модели с раскраской по атомам, молекулы воды - в шариковой модели, желтые. Histidine - первый а/о (красный). Tyrozine - последний а/о (синий). |
 |
Два изображения лейцина в составе белка 1WKQ: 13й остаток (получено в программе RasMol) и в виде свободной аминокислоты (получено в программе ACD Chemsketch)
 |
 |
Тринадцатая аминокислота моего белка (leucine) - выделяется в RasMol из всей молекулы протеина командой: restrict LEU13:A. Картинки различаются, так как ChemSketch создает только эскиз молекулы, и не учитывается влияние друг на друга атомов, а в RasMol лизин входит в состав белка и на него влияют еще и соседние молекулы, он участвует в различных типах взаимодействий и это обуславливает его форму.
Кроме того, на картинке из RasMol как будто не хватает гидроксильной группы, но если вспомнить, что именно она участвует в образовании пептидной связи, то никакого недостатка нет.
4. Размеры
|
В моем белке (при очень (!) хорошем воображении) можно разгладеть корону или сундук. |
1)Я измерила свой белок. Получина такие результаты:
Высота: GLU1278.OE2-HOH1403A.O: 45.45 ~46
Ширина: HIS-2A.CE1-HOH1450A.O: 66.83 ~ 67
Глубина: H0H1462A.O-HOH1543B.O: 41.49 ~ 42
2)Как можно заметить, удобно будет вписывать его в параллелограмм (т.е. аппроксимировать его параллелограммом).
Тогда: V = 46 A * 67 A * 42 A = 129444 A3
3)При аппроксимировании клетки Escherichia coli цилиндром r=0.5µm и h=2µm её объем
V = П*r2*h = 1.57*1012 A3.
4)Тогда в клетку поместится число молекул, равное отношению названных объемов, то есть N=12 128 797 штук.
5)Число молекул различного типа вычисляется по формуле
N(всего)/n(кол-во типов)=12 128 797/4400=2756(молекул)
6) Средняя длина волны света 600 nm
Предел разрешения светового микроскопа 300 nm
Площадь видимого объекта 9*104 nm2 = 9*106 A2
Площадь проекции моего белка (самым большим по площади прямоугольником) 67 A * 46 A =3082 A2
Количество молекул белка, образующих видимый объект = 9*106A2/3082 A2=2920 молекул.