1. Получим информацию о белке из быза данных SwissProt.
С помощью SRS найдем белок в банке SwissProt (SRS http://srs.ebi.ac.uk/).
Library page -> UniPRotKB/Swiss-Prot -> Standard Query Form
В одном из полей запроса выберем ID и внесем в окошко идентификатор GUAD_BACSU.
По запросу нашелся один результат. Выберем несколько собенностей белка.
Результат запроса Описание 
 ID   GUAD_BACSU_14;  parent: GUAD_BACSU
 FT   HELIX        84     93
 SQ   Sequence    10 AA;
   PMCLGAIYWA
 //
Участок с 84 до 93 аминоскилотных остатков соответсвует α-спирали.
Последовательность остатков (10): Pro-Met-Cys-Leu-Gly-Ala-Ile-Tyr-Trp-Ala		 
 ID   GUAD_BACSU_9;  parent: GUAD_BACSU
 FT   STRAND       35     41
 SQ   Sequence     7 AA;
   AIIAEGQ
 //
Участок с 35 до 41 аминоскилотных остатков соответсвует β-листу.
Последовательность остатков (7): Ala-Ile-Ile-Ala-Glu-Glu-Gln		 
 ID   GUAD_BACSU_6;  parent: GUAD_BACSU
 FT   HELIX         3     19
 SQ   Sequence    17 AA;
   HETFLKRAVT LACEGVN
 //
Участок с 3 до 19 аминоскилотных остатков соответсвует α-спирали.
Последовательность остатков (17):
His-Glu-Thr-Pre-Leu-Lys-Arg-Ala-Val-Thr-Leu-Ala-Cys-Glu-Gly-Val-Asn

2. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку.
Файл, сохраненный из SRS. 3. Определение, сколько белков в UniProt имеют тот же код белка или примерно то же описание (DE) 
DE   RecName: Full=Guanine deaminase;
DE            Short=GDEase;
DE            Short=Guanase;
DE            Short=Guanine aminase;
DE            EC=3.5.4.3;
DE   AltName: Full=Guanine aminohydrolase;
DE            Short=GAH;


CC   -!- FUNCTION: Catalyzes the hydrolytic deamination of guanine,
CC       producing xanthine and ammonia.

Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка GUAD_BACSU из Bacillus subtilis


Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
deaminase (([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-Description:deaminase*]) 398
deaminase (([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-Description:deaminase*]) ! [swissprot-Description:fragment*]) 395
guanine deaminase(([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-Description:deaminase*]) & [swissprot-Description:guanine*]) 1
deaminase (([swissprot-Organism:Firmicutes*] & [swissprot-Description:deaminase*]) & [swissprot-Description:fragment*]) 3
hydrolytic deamination ((([swissprot-Comment:hydrolytic*] & [swissprot-Comment:deamination*]) > parent ) & [swissprot-Organism:Firmicutes*]) 1

4. Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате.
Так как похожих по функции белков много, я решила взять те, которые из Bacillus subtilis (т.е. те, которые дезаминируют что-то).
(запрос: ((([swissprot-Description:deaminase*] ! [swissprot-Description:fragment*]) & [swissprot-Organism:Firmicutes*]) & ([swissprot-Organism:Bacillus*] & [swissprot-Organism:subtilis*])))
fasta-file

5. Cписок последовательностей из задания 4, в котором указана другая информация
Таблица с данными.


Наверх